综合工时制不备案的主要后果是，该工时制度可能无法得到劳动行政部门的认可，进而在发生劳动争议时，企业可能面临不利的法律后果。以下从几个方面进行详细分析：

1. 法律认可问题：

   • 综合工时制是一种特殊的工时制度，它允许企业在一定周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间，但平均日和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。然而，这种工时制度的实施需要得到劳动行政部门的批准或备案。
   • 如果企业未按照规定进行备案，劳动行政部门可能不会认可该工时制度的合法性。这意味着，在发生劳动争议时，企业可能无法依据综合工时制来主张其工时安排的合理性。

2. 劳动争议风险：

   • 在未备案的情况下，如果员工对工时安排提出异议，并引发劳动争议，企业可能面临败诉的风险。因为，从法律角度来看，未经备案的综合工时制可能被视为无效或不被认可。
   • 劳动争议不仅可能给企业带来经济损失（如支付加班费、赔偿金等），还可能影响企业的声誉和员工关系。

3. 行政处罚风险：

   • 根据相关法律法规，企业未按照规定进行工时制度备案的，劳动行政部门有权对其进行行政处罚。这可能包括警告、罚款等措施。
   • 行政处罚不仅会给企业带来直接的经济损失，还可能对企业的合规经营和信誉造成负面影响。

4. 实际操作建议：

   • 及时备案：企业应按照规定及时向劳动行政部门申请综合工时制的备案，以确保其工时制度的合法性和有效性。
   • 完善内部管理：企业应建立完善的工时管理制度，确保员工的工时安排符合法律法规的要求，并保留好相关记录以备查。
   • 加强员工沟通：企业应加强与员工的沟通，确保员工了解并同意企业的工时安排，减少因工时问题引发的劳动争议。

总结来说，综合工时制不备案可能带来法律认可问题、劳动争议风险以及行政处罚风险。因此，我建议企业务必按照规定进行备案，并加强内部管理和员工沟通，以确保工时制度的合法性和有效性。如果你在劳动工伤领域有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。