施工合同未备案是否会面临处罚，主要取决于当地具体的政策和法规。以下是对此问题的详细分析：
一、政策改革背景下的变化
自2018年国务院办公厅发布《关于开展工程建设项目审批制度改革试点的通知》以来，多地已逐步取消施工合同备案制度。因此，在这些已取消备案制度的地区，未备案的施工合同通常不会受到行政处罚。但需注意，这并不意味着合同备案不重要，它仍是工程项目管理中的重要环节，对于保障双方权益、规范市场秩序具有重要意义。
二、仍保留施工合同备案制度地区的处罚规定
在仍保留施工合同备案制度的地区，未备案可能面临以下处罚：
对建设单位的处罚：
- 若因合同未备案导致未取得施工许可擅自施工，依据《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》（建设部令第89号）第五十三条，建设单位将面临责令停止施工、限期改正，并处以工程合同价款百分之一以上百分之二以下的罚款。
- 部分地区还可能根据本地实际情况制定更具体的处罚措施，如警告、责令限期改正等。逾期不改的，可能进一步处以罚款。
对施工单位的处罚：
- 施工单位若明知合同未备案仍进行施工，且违反当地建设行政管理规定，将可能受到建设行政主管部门的责令限期改正。
- 情节严重时，依据《建筑工程施工发包与承包违法行为认定查处管理办法》等相关规定，施工单位可能面临罚款、暂停当地投标资格、降低资质等级等严厉处罚。
对招标人与招标代理机构的处罚：
- 根据《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第四十九条，招标人或招标代理机构在招标过程中存在违规行为（包括不按规定期限确定中标人、改变中标结果、无正当理由不与中标人签订合同等），且这些行为可能与合同备案相关联时，将面临责令限期改正及最高三万元的罚款。情节严重的，可能导致招标无效。
三、未备案可能带来的其他影响
除了直接的行政处罚外，施工合同未备案还可能对企业的信誉和业务开展造成长远的不利影响：
- 影响企业信用：施工合同未备案的情况会被记录在企业的信用档案中，损害企业在建筑市场的信誉。在后续参与工程项目投标时，可能会因信用问题而受到限制或被扣分，降低中标机会。
- 限制参与工程招投标：一些地方建设行政主管部门会将施工合同备案情况与企业参与工程招投标活动挂钩。存在未备案违规行为的企业，可能在一定期限内被限制参与本地区新的工程项目投标。
四、建议与防范措施
- 及时备案：施工单位在签订施工合同后，应严格按照相关规定及时进行备案，确保合同的合法性和有效性。
- 加强内部管理：建立健全的合同管理制度，确保所有合同都能得到及时、规范的备案和处理。
- 关注地方性法规：由于处罚措施可能因地区而异，施工单位应密切关注当地的相关法律法规和政策动态，以确保合规操作。
综上所述，施工合同未备案是否会面临处罚取决于当地的具体政策和法规。在实际操作中，建议及时了解并遵守相关规定，确保合同的合法性和规范性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。