结论：企业若已对综合工时制进行备案，劳动部门通常不会对备案前的行为进行处罚，但需结合具体情况判断是否存在其他违法行为。以下从不同角度详细分析：
一、备案行为的法律意义
综合工时制是一种特殊的工时制度，其适用需经过劳动行政部门的审批。企业完成备案意味着其综合工时制的实施已获得劳动行政部门的认可，具有合法性。备案行为本身是对企业过去及未来实施综合工时制合法性的确认，因此，在备案完成后，劳动部门一般不会仅因备案前的行为而对企业进行处罚。
二、可能面临的处罚情形
尽管备案行为本身具有合法性确认的效力，但企业仍需注意以下可能面临的处罚情形：
备案前存在违法行为：
- 如果企业在备案前存在未经批准擅自实行综合工时制、未依法支付加班费等违法行为，且这些行为在备案时未被纠正或未被劳动行政部门发现，劳动部门在后续监管中仍有可能对企业进行处罚。
- 处罚措施可能包括责令改正、警告、罚款以及支付加班费和经济补偿等，具体依据违法情节的严重程度和涉及劳动者的人数等因素确定。
备案后违反相关规定：
- 即使企业已完成备案，如果在备案后违反综合工时制的相关规定，如超时加班、未保障劳动者休息休假权益等，劳动部门同样有权对企业进行处罚。
- 处罚措施与备案前存在违法行为的处罚措施类似，包括责令改正、警告、罚款等。
三、法律建议与风险提示
确保备案前的合法性：
- 企业在申请综合工时制备案前，应确保自身已完全符合实施综合工时制的条件，并依法支付了劳动者的加班费等费用。
- 如存在历史遗留问题，建议企业在备案前主动与劳动行政部门沟通，寻求解决方案，以避免后续处罚风险。
严格遵守备案后的规定：
- 企业在获得综合工时制备案后，应严格按照备案的内容和规定实施工时制度，确保劳动者的合法权益不受侵害。
- 定期对工时制度进行自查，及时发现并纠正可能存在的问题。
积极应对劳动部门的监管：
- 企业应积极配合劳动部门的监管工作，如实提供相关资料和信息，接受劳动部门的检查和指导。
- 如收到劳动部门的整改通知或处罚决定，企业应及时采取措施进行整改，并依法行使申诉或诉讼权利。
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