核心结论：从中介进厂辞职时，中介扣除的费用需根据具体情况判断，可能存在以下几种情况：

1. 合同约定合法且合理的情况
   如果劳动者与中介签订的劳动合同或服务协议中明确约定了“服务费”“管理费”等费用的扣除标准（例如按工作时长比例分摊），且该约定不违反《劳动合同法》第九条（禁止以担保名义收取财物）和第二十二条（服务期违约金需以培训费用为限）等强制性规定，则中介可按约定扣除合理费用。
   示例：若协议约定“工作满3个月不扣服务费，未满3个月按未服务天数比例扣除”，且劳动者仅工作1个月，中介扣除2/3服务费可能合法。

2. 合同约定违法或显失公平的情况

   • 违法扣除项目：若中介以“违约金”“介绍费”“保证金”等名义扣除费用，但无法证明劳动者存在违约行为（如擅自离职造成损失），或扣除费用超出法定范围（如未提供培训却要求支付违约金），则属于违法行为。
     
   • 显失公平条款：若合同条款明显偏向中介（如“无论何种原因离职均扣全部费用”），可能因违反《民法典》第四百九十七条（格式条款无效情形）被认定无效，劳动者有权要求返还。

3. 未签订合同或约定不明的情况
   若双方未签订书面协议，或协议未明确费用扣除规则，中介不得擅自扣费。根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系解除时，用人单位（或中介）应一次性付清劳动者工资，不得克扣或无故拖欠。

行动建议：

1. 核查合同条款：优先查看与中介签订的协议，确认费用扣除的依据、比例及条件；
   
2. 保留证据：保存工资条、扣费通知、工作记录等证据，以备维权使用；
   
3. 协商或投诉：若认为扣费不合理，可先与中介协商；协商不成可向当地劳动监察大队投诉（电话：12333），或申请劳动仲裁；
   
4. 注意时效：劳动争议申请仲裁的时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。

风险提示：
部分中介可能通过“阴阳合同”（如口头约定与书面条款不一致）或模糊表述规避责任，劳动者需特别注意合同细节，避免因疏忽导致权益受损。如有疑问，可直接向我咨询具体条款的合法性。