拒付农民工工资的立案流程主要涉及以下几个步骤，我将结合具体法律条款和实际操作流程为您详细说明：
一、案件性质初步判断与报案准备
案件性质：
- 拖欠农民工工资首先被视为劳动争议或民事纠纷，通常由劳动行政部门或劳动仲裁委员会处理。
- 当行为涉嫌拒不支付劳动报酬罪时，公安机关将介入立案侦查。
报案准备：
- 身份证明：提供身份证等有效身份证件。
- 劳动关系证明：包括劳动合同、工资条、工作证、考勤记录、工友证言等，以证明劳动关系及劳动报酬的具体情况。
- 政府部门责令支付的相关材料：如《劳动保障监察责令改正决定书》等文书的复印件或相关证明材料，这是证明用人单位经政府责令支付仍不支付的关键证据。
二、公安机关受理与审查
受理：
- 公安机关接收报案后，会进行登记并向报案人出具受案回执。
审查：
- 公安机关会对报案材料进行详细审查，核实是否符合拒不支付劳动报酬罪的立案条件。
- 审查内容包括：调查用人单位的资金状况、是否存在逃避支付行为（如转移财产、逃匿等）、是否收到政府部门的责令支付文书等。
- 立案标准：根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，拒不支付一名劳动者三个月以上的劳动报酬且数额在五千元至二万元以上，或拒不支付十名以上劳动者的劳动报酬且数额累计在三万元至十万元以上，即达到立案追诉标准。
三、立案决定与后续处理
立案决定：
- 若公安机关认为有犯罪事实需要追究刑事责任且属于自己管辖，会制作《立案决定书》予以立案。
- 立案后，公安机关会及时告知报案人立案情况，保障其知情权。
不立案情况：
- 若不符合立案条件，公安机关会制作《不予立案通知书》送达控告人，并说明不立案的理由和法律依据。
- 救济途径：报案人对不立案决定不服的，可以在收到决定书后7日以内向作出决定的公安机关申请复议；或向人民检察院提出申诉，人民检察院有权要求公安机关说明不立案的理由，并在认为理由不能成立时通知公安机关立案。
四、侦查与移交检察院
侦查工作：
- 立案后，公安机关会展开侦查工作，收集证据材料以查明案件事实。
- 侦查内容包括：调查用人单位的财务状况、资金流向、是否存在逃避支付的行为等。
移交检察院：
- 侦查终结后，公安机关会将案件移交给检察院进行审查起诉。
五、检察院公诉到法院与法院审理
检察院公诉：
- 检察院会对公安机关移送的案件进行审查，如果认为证据确凿、犯罪事实清楚，会向法院提起公诉。
法院审理：
- 法院会对案件进行审理，根据案件事实和法律规定，对用人单位或相关责任人进行量刑定罪。
- 量刑标准：根据《中华人民共和国刑法》第二百七十六条之一的规定，拒不支付劳动报酬罪可处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；造成严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
六、特别注意事项
提前支付与减轻处罚：
- 如果用人单位或个人在提起公诉前支付劳动者的劳动报酬，并依法承担相应赔偿责任，可以减轻或者免除处罚。
劳动行政部门先行处理：
- 劳动者在发现用人单位拒不支付劳动报酬时，应先向劳动行政部门投诉举报。劳动行政部门调查核实后责令用人单位支付劳动报酬，若用人单位仍拒不支付，劳动行政部门才会将案件移交公安机关处理。
总结来说，拒付农民工工资的立案流程涉及报案准备、公安机关受理与审查、立案决定与后续处理、侦查与移交检察院、检察院公诉到法院以及法院审理等多个环节。劳动者在维护自身权益时，应充分了解相关法律法规和程序要求，并积极配合相关部门的工作。如果您在过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。