恶意拖欠农民工工资，可以通过以下三种主要途径进行立案追讨：
向劳动保障监察机构投诉
- 准备材料：首先，需要准备好能够证明劳动关系和拖欠工资事实的材料，如身份证、劳动合同、工资条、考勤记录等。
- 投诉流程：携带上述材料到当地劳动保障监察机构进行投诉。劳动保障监察机构在审查符合受理条件后，会立案调查，并依法对用人单位进行处理。
- 法律依据：根据《劳动保障监察条例》，劳动保障行政部门有权对用人单位的工资支付情况进行监督检查，对拖欠工资的行为进行处罚。
向劳动争议仲裁委员会申请仲裁
- 提交申请：向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请书及相关证据。申请书应载明劳动者和用人单位的基本信息、仲裁请求及所根据的事实、理由等。
- 仲裁流程：仲裁委在收到申请之日起五日内会决定是否受理。若受理，会在受理后五日内将仲裁申请书副本送达被申请人，被申请人需在十日内向仲裁委提交答辩书。之后便进入仲裁审理阶段，一般会在受理仲裁申请之日起四十五日内结束，案情复杂的可延长十五日。
- 后续行动：对仲裁结果不服的，可在规定时间内向人民法院提起诉讼。
- 法律依据：根据《劳动争议调解仲裁法》，发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
通过刑事立案途径
- 报案条件：若用人单位拒不支付劳动报酬，数额较大，且经政府有关部门责令支付仍不支付的，可向公安机关报案。
- 报案流程：携带相关证据到当地公安机关报案，公安机关在审查符合立案条件后，会立案侦查。
- 法律依据：根据《刑法》第二百七十六条之一规定，以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬或者有能力支付而不支付劳动者的劳动报酬，数额较大，经政府有关部门责令支付仍不支付的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；造成严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
在追讨工资的过程中，还需要注意以下几点：
- 确保证据的有效性和连贯性：在整个追讨过程中，要确保所提供的证据真实、有效，且能够形成完整的证据链，以支持自己的主张。
- 了解并利用法律程序：要熟悉并了解劳动争议的处理程序，包括投诉、仲裁、诉讼等，以便在必要时能够迅速、有效地采取行动。
- 保持冷静和理性：在追讨工资的过程中，可能会遇到各种困难和挑战，但要保持冷静和理性，避免采取过激行为，以免影响自己的权益。
如果遇到用人单位恶意拖欠工资的情况，建议农民工朋友们及时采取行动，通过合法途径维护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。