核心结论：上级单位对领导的处置方式取决于单位内部规章制度、领导责任大小以及具体情节严重程度，可能涉及批评教育、绩效扣分、纪律处分甚至追责，以下分情况详细说明：

一、若单位有明确制度但领导未执行，可能面临内部纪律处分

1. 制度依据：多数单位会在《员工手册》《考勤管理制度》或《离职管理办法》中明确规定，员工离职需提交离职审批表，休假需提前报批并留存休假条。若制度明确要求领导对下属的离职、休假材料进行审核并归档，而领导未履行职责导致材料缺失，属于违反单位内部管理规定。
2. 处置方式：上级单位可能根据制度对领导进行批评教育、书面检讨、绩效扣分（如扣减当月或季度绩效奖金），若因材料缺失导致单位面临劳动纠纷（如员工主张未休年假补偿、离职手续违法等），还可能对领导进行警告、记过等纪律处分。

二、若领导存在故意隐瞒或违规操作，可能被追责

1. 故意隐瞒：若领导明知员工未提交离职审批表或休假条，却故意不记录、不上报，甚至协助员工掩盖事实（如员工未实际休假却伪造休假条），可能被认定为“失职渎职”或“与员工串通违规”。
2. 处置方式：上级单位可能对领导进行更严厉的处分，如降职、撤职；若因领导行为导致单位遭受经济损失（如未休年假需支付3倍工资、离职违法需支付赔偿金），单位可能要求领导承担部分赔偿责任；若情节严重（如涉及伪造公文、贪污等），还可能移交司法机关处理。

三、若领导无主观过错，可能仅被提醒或免责

1. 无过错情形：若领导已要求员工提交材料，但员工拒不配合或材料被员工故意损毁、藏匿，且领导能提供证据（如微信聊天记录、邮件通知等）证明已履行管理职责，则领导可能无责任。
2. 处置方式：上级单位可能仅对领导进行口头提醒或书面说明，要求其加强后续管理，但不会进行实质性处分。

四、若单位制度不完善，领导责任可能减轻

1. 制度漏洞：若单位未明确规定离职审批表、休假条的归档流程，或未对领导的管理职责进行清晰界定，领导可能以“制度不明确”为由主张免责。
2. 处置方式：上级单位可能要求单位完善制度，并对领导进行轻微处分（如口头警告），但不会追究严重责任。

建议：若您是涉事领导，建议立即整理与员工的沟通记录（如邮件、微信）、要求员工补交材料的通知等证据，证明已履行管理职责；若您是员工，可要求单位出具书面说明解释材料缺失原因，并保留后续维权证据。如有具体情节需要进一步分析，可直接向我咨询。