结论：单位以未连续提交病假单为由拒绝补发扣款是否违法，需根据具体情况判断，若员工确实因工伤需要休息且已履行合理告知义务，单位无正当理由拒绝补发扣款则可能违法；若员工未履行合理告知义务或不符合工伤休息条件，单位拒绝补发扣款则可能合法。以下从不同角度详细分析：
一、法律背景与规定
工伤认定与待遇：
- 根据《工伤保险条例》等相关法律法规，员工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
- 停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。
病假单与工伤休息的关系：
- 病假单通常是员工因病或非因工负伤需要休息时，由医疗机构出具的证明文件。
- 在工伤情况下，员工需要休息的是基于工伤医疗的需要，而非一般的病假。因此，病假单虽非必需，但可作为员工需要休息的辅助证明。
二、单位拒绝补发扣款的合法性分析
员工已履行合理告知义务且符合工伤休息条件：
- 若员工已及时告知单位其工伤情况，并提供了必要的医疗证明（如诊断证明、医疗记录等），即使未连续提交病假单，单位也应认可其工伤休息的权利。
- 在此情况下，单位无正当理由拒绝补发扣款，可能构成违法，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
员工未履行合理告知义务或不符合工伤休息条件：
- 若员工未及时告知单位其工伤情况，或未提供必要的医疗证明，单位可能无法确认其工伤休息的真实性和必要性。
- 若员工实际上并不符合工伤休息的条件（如伤势轻微、无需暂停工作等），单位拒绝补发扣款则可能合法。
三、法律建议与行动指南
对于员工：
- 及时告知单位工伤情况，并提供必要的医疗证明。
- 保留好相关证据（如诊断证明、医疗记录、与单位的沟通记录等），以备不时之需。
- 若单位拒绝补发扣款，可先与单位协商解决；协商无果的，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
对于单位：
- 建立健全的工伤管理制度，明确工伤认定、休息、待遇支付等流程。
- 在员工提出工伤休息申请时，及时核实其工伤情况和医疗证明，确保合法合规地处理。
- 若对员工的工伤休息申请有异议，应及时与员工沟通并说明理由，避免不必要的法律纠纷。
四、可能的法律后果
若单位违法拒绝补发扣款：
- 员工有权要求单位补发扣款，并可能获得相应的经济补偿（如赔偿金等）。
- 单位可能面临劳动监察部门的处罚或劳动仲裁机构的裁决，影响企业形象和信誉。
若员工无理要求补发扣款：
- 单位有权拒绝员工的无理要求，并保留追究其法律责任的权利（如诽谤、敲诈勒索等）。
- 员工可能面临单位的纪律处分或法律追究，影响个人职业发展和声誉。
总结：单位以未连续提交病假单为由拒绝补发扣款是否违法，需根据具体情况判断。员工应确保及时告知单位工伤情况并提供必要医疗证明；单位应建立健全工伤管理制度并合法合规处理员工工伤休息申请。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。