员工私自变卖公司废纸箱获利400元且未上交公司的行为，属于侵占公司财产的违规行为，公司可根据情节轻重采取内部处理或法律追责措施。具体分析如下：

一、内部处理措施

1. 调查核实
   公司应首先通过监控录像、证人证言、财务记录等方式核实员工行为，确认废纸箱的归属（如是否属于公司废弃物）、变卖金额及款项去向。若证据充分，可启动内部调查程序。

2. 依据规章制度处理
   根据《劳动合同法》第三十九条，若公司《员工手册》或规章制度中明确规定“侵占公司财物属于严重违纪行为”，公司可依据制度对员工进行警告、记过、降薪、解除劳动合同等处罚。
   关键点：规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示，否则可能因程序瑕疵导致处罚无效。

3. 追缴违法所得
   公司可要求员工返还400元变卖款项，并可依据内部规定扣除相应奖金或要求赔偿损失（如废纸箱市场价值高于400元时）。

二、法律追责路径

1. 民事追偿
   若员工拒绝返还，公司可依据《民法典》第二百三十五条（返还原物请求权）或第九百八十五条（不当得利返还）向法院起诉，要求员工返还400元及利息。
   证据要求：需提供废纸箱归属证明（如采购合同、废弃物处理记录）、变卖交易记录（如收据、转账记录）等。

2. 行政处罚（视情节）
   若员工变卖行为涉及多次、金额累计较大（如超过当地盗窃罪立案标准，通常为1000-3000元），可能涉嫌《治安管理处罚法》第四十九条“盗窃财物”，公司可向公安机关报案，员工可能面临5-15日拘留及罚款。
   注：400元单次金额一般不构成刑事犯罪，但若员工长期私卖公司财物累计达刑事标准（如6万元以上），可能涉嫌职务侵占罪。

3. 刑事追责（极端情况）
   若员工利用职务便利（如负责废品处理），将公司财物非法占为己有且数额较大（通常6万元以上），可能构成《刑法》第二百七十一条职务侵占罪，公司可向公安机关报案，员工可能面临3年以下有期徒刑或拘役。
   本案分析：400元远未达刑事标准，但公司可保留证据以备后续累计追责。

三、实务建议

1. 完善内部管理

   • 明确废品处理流程（如指定专人负责、登记台账）；
     
   • 在《员工手册》中细化“侵占财物”的定义及处罚条款；
     
   • 定期开展合规培训，强化员工法律意识。

2. 处理方式选择

   • 若员工初犯且态度诚恳，可优先通过内部警告+追缴款项处理；
     
   • 若员工拒不认错或存在多次行为，建议结合民事起诉+行政报案，形成压力。

3. 风险防范

   • 避免以“罚款”名义直接扣除员工工资（需符合《工资支付暂行规定》第十六条“赔偿损失”条件）；
     
   • 处理全程留存书面证据（如谈话记录、签收文件），防止员工事后反诉。

如需进一步分析证据效力或起草法律文书，可提供具体细节后继续深入解答。