首先，公司废纸箱的所有权通常归公司所有，员工在未经公司允许的情况下擅自拿走废纸箱是不合法的行为。针对公司不想让员工拿走废纸箱的问题，可以从以下几个方面来处理：

1. 明确公司规定：

   • 公司可以制定明确的规定，说明废纸箱属于公司财产，员工不得私自拿走。
   • 规定可以张贴在显眼位置，如公告栏、员工休息室等，以确保员工能够知晓。

2. 加强管理和监督：

   • 公司可以安排专人负责管理废纸箱，定期检查废纸箱的存放情况。
   • 对于违反规定私自拿走废纸箱的员工，公司可以采取相应的纪律措施，如警告、罚款等。

3. 提供合理回收渠道：

   • 如果公司希望废纸箱得到合理利用，可以设立专门的废纸回收点，并鼓励员工将废纸箱投放到回收点。
   • 公司可以与回收站或废品收购商合作，确保废纸箱得到妥善处理和回收。

4. 增强员工法律意识：

   • 公司可以组织法律培训或讲座，向员工普及公司财产保护的相关法律知识。
   • 通过培训增强员工的法律意识，使员工明白私自拿走公司财产是违法的行为。

综上所述，公司可以通过制定明确规定、加强管理和监督、提供合理回收渠道以及增强员工法律意识等方式来处理废纸箱不想让员工拿走的问题。这样既能保护公司的财产权益，又能促进员工的合规行为。如果你在这方面还有其他疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。