结论前置：公司合同不续约时，计算赔偿前12个月的工资通常不包含加班费，而是依据劳动者离职前12个月的平均工资（该平均工资包含正常工作时间内的计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入）来计算经济补偿金。

详细分析：

1. 法律依据与计算标准：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限来支付，具体为：每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资。这里的“月工资”指的是劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
   • 进一步地，《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条明确了“月工资”的计算方式，即按照劳动者应得工资计算，这包括了计时工资、计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入，但并不包含加班费。

2. 加班费不纳入经济补偿金的原因：

   • 性质差异：加班费是劳动者因提供额外劳动而获得的报酬，其本质是对劳动者超出正常工作时间的劳动的补偿。因此，它具有不确定性和变动性，与劳动者正常工作时间内的劳动所得存在性质上的差异。
   • 立法本意与公平原则：经济补偿金的目的是补偿劳动者在本单位工作期间积累的贡献以及因劳动合同终止而面临的失业风险等。基于这一立法本意和公平合理原则，通常不将具有不确定性和变动性的加班费纳入经济补偿金的计算基数。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 在计算离职前12个月平均工资时，除了基本工资外，还应包含劳动者在正常工作时间内获得的其他货币性收入，如奖金、津贴、补贴等。这些收入是劳动者正常工作时间内劳动所得的组成部分，因此应被纳入经济补偿金的计算基数。
   • 如果在实际操作中遇到单位未将应纳入计算基数的货币性收入（如奖金、津贴等，但不包括加班费）纳入经济补偿金计算的问题，劳动者可以首先尝试与单位进行沟通协商。若沟通无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉举报，或者依法申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

举例说明： 假设小李在某公司工作了3年，合同到期后公司决定不再续签。在过去的12个月里，小李的基本工资每月为5000元，平均每月奖金为1000元，平均每月加班费为800元。那么在计算经济补偿金时，计算基数应为小李正常工作时间的月工资（基本工资+奖金）6000元，而不包括加班费800元。因此，小李应获得的经济补偿金为：6000元×3 = 18000元。

综上所述，公司合同不续约时，计算赔偿前12个月的工资通常不包含加班费。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。