合同到了公司补签合同，赔偿时加班费是需要算入的。具体分析如下：

在经济补偿（或赔偿金）的计算中，依据的是劳动者在劳动合同解除或终止前的十二个月平均工资。这里的“平均工资”指的是应得工资，而应得工资中包含了加班费。因此，在合同到期补签或终止后计算赔偿金时，加班费应当被计入工资基数，而不能被扣除。

若用人单位在计算赔偿金时扣除了加班费，这属于计算错误。劳动者有权要求用人单位按照正确的方式重新计算，并足额支付赔偿金。

总的来说，无论是合同正常到期还是补签后到期，只要涉及到经济补偿或赔偿金的计算，加班费都应作为应得工资的一部分被计入其中。如果你在这方面遇到了问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。