结论：能否申请民事人身损害补偿需分情况讨论，关键在于能否证明脑梗死与长时间夜班存在因果关系，以及用人单位是否存在过错。
- 若能证明因果关系且用人单位存在过错：
- 因果关系证明：脑梗死的发生通常与多种因素有关，如自身基础疾病（高血压、高血脂、糖尿病等）、生活习惯（吸烟、饮酒、缺乏运动等）以及工作环境等。若能通过医学鉴定、工作记录等证据，证明长时间夜班（如工作强度过大、休息时间严重不足等）是导致脑梗死的重要诱因，即存在法律上的因果关系，那么就具备了申请民事人身损害补偿的基础。
- 用人单位过错：用人单位若存在违反劳动法律法规的行为，如未按照规定安排劳动者休息时间、未提供必要的劳动保护条件等，导致劳动者因长时间夜班而患病，那么用人单位存在过错。在这种情况下，劳动者可以依据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的规定，要求用人单位承担民事人身损害补偿责任，补偿范围可能包括医疗费、误工费、护理费、残疾赔偿金（若构成残疾）等。
- 若无法证明因果关系或用人单位无过错：
- 无法证明因果关系：如果无法通过充分的证据证明脑梗死与长时间夜班之间存在因果关系，那么用人单位可能不承担民事人身损害补偿责任。因为民事侵权责任的成立需要满足行为、过错、损害后果以及行为与损害后果之间的因果关系这四个要件，缺一不可。
- 用人单位无过错：即使能够证明脑梗死与长时间夜班存在一定关联，但如果用人单位已经按照劳动法律法规的规定，为劳动者提供了合理的休息时间、必要的劳动保护条件等，不存在过错行为，那么劳动者要求用人单位承担民事人身损害补偿责任的主张可能难以得到支持。不过，在这种情况下，劳动者可能可以依据工伤保险相关规定，申请工伤认定，享受相应的工伤保险待遇。
建议：
- 及时收集和保存与工作相关的证据，如工作记录、考勤表、排班表等，以证明长时间夜班的事实。
- 尽快进行医学鉴定，确定脑梗死与长时间夜班之间的因果关系以及自身的伤残等级等情况。
- 与用人单位进行协商，看是否能够达成补偿协议。如果协商不成，可以考虑通过法律途径解决，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
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