结论：在自建房合同中，若仅约定了每平米的价格但未明确墙面抹灰和混凝土垫层等具体工作内容，现因这些工作未做而需扣除工程款时，应首先依据合同条款进行协商；协商不成时，可依据《民法典》中关于合同履行和违约责任的规定，结合行业惯例和实际损失来确定扣除金额。
详细分析：
合同条款的优先性：
- 首先，应仔细审查合同条款，看是否有关于墙面抹灰和混凝土垫层等具体工作的明确约定。如果合同中有明确约定这些工作应包含在每平米的价格内，但施工方未履行，则施工方构成违约，发包方有权要求扣除相应工程款或要求施工方完成这些工作。
- 如果合同中没有明确约定这些工作的归属，则需要结合行业惯例和双方交易习惯来判断。
行业惯例和交易习惯：
- 在建设工程领域，通常会有一些行业惯例或交易习惯，这些惯例或习惯可能被视为合同的一部分。例如，如果当地普遍认为墙面抹灰和混凝土垫层是包含在每平米价格内的基本工作，那么即使合同中没有明确约定，施工方也应履行这些工作。
- 在这种情况下，如果施工方未履行这些工作，发包方有权要求扣除相应工程款。扣除的金额可以参照当地类似工程的报价或行业平均价格来确定。
实际损失的计算：
- 如果发包方因施工方未履行墙面抹灰和混凝土垫层等工作而遭受了实际损失（如需要额外支付费用请其他施工方完成这些工作），则发包方有权要求施工方赔偿这些损失。
- 实际损失的计算应基于合理的、必要的支出，并应提供相应的证据（如发票、合同等）来支持。
法律条款的适用：
- 根据《民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
- 在本案例中，如果施工方未履行墙面抹灰和混凝土垫层等工作，则构成违约，发包方有权要求施工方承担违约责任，包括扣除相应工程款或赔偿损失。
协商与诉讼：
- 在处理此类纠纷时，双方应首先尝试通过协商来解决争议。协商时，可以邀请第三方（如行业协会、调解机构等）参与调解，以促成双方达成和解。
- 如果协商不成，发包方可以向人民法院提起诉讼或依据合同中的仲裁条款申请仲裁，要求施工方承担违约责任并赔偿损失。
建议：
- 在签订合同时，应尽可能明确约定各项工作的内容、价格、质量标准等条款，以避免后续争议。
- 在施工过程中，双方应保持良好的沟通，及时记录工作进展和存在的问题，以便在发生争议时提供证据。
- 如果发生争议，应首先尝试通过协商来解决；协商不成时，应及时寻求法律途径解决，以避免损失扩大。
示例计算（假设墙面抹灰和混凝土垫层占工程总价的10%，且工程总价为100万元）：
- 若需扣除工程款，则扣除金额 = 工程总价 × 占比 = 100万元 × 10% = 10万元。
- 若发包方因施工方未履行这些工作而额外支付了5万元请其他施工方完成，则施工方应赔偿的损失为5万元（实际损失以合理、必要支出为限）。