公交司机在因事故停工期间，工资发放需根据具体情况确定，主要分为以下两种情况：

1. 若事故责任在司机且构成重大过失或故意行为
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，若司机因本人重大过失或故意行为导致事故，公司可要求其承担部分或全部经济损失赔偿，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
   关键点：公司需证明司机存在重大过失（如严重违反操作规程、酒驾等），且赔偿需通过合法程序（如劳动合同约定、规章制度规定或司法裁决）确定。若公司直接停发工资，可能涉嫌违法。

2. 若事故责任不在司机或属于非主观过错
   根据《劳动合同法》第三十条，公司应按劳动合同约定支付工资。若停工是公司单方面决定（如调查期间），司机未提供劳动的原因非个人过错，公司仍需支付基本工资或生活费（通常不低于当地最低工资的80%）。
   例外情形：若劳动合同或公司规章制度明确约定“事故调查期间暂停工资”，且该条款不违反法律强制性规定（如未低于最低工资标准），公司可能按约定执行。但此类条款需经民主程序制定并公示，否则可能无效。

实务建议：

• 司机角度：要求公司出具书面停工通知，明确停工原因及工资处理方式；保留劳动合同、工资条等证据；若公司违法停发工资，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  
• 公司角度：完善事故处理流程，明确责任认定标准；若需扣发工资，应与司机协商并签订书面协议；确保规章制度合法有效，避免因程序瑕疵导致条款无效。

温馨提示：工资发放问题涉及劳动法、合同法及地方性法规，具体操作需结合事故责任认定、劳动合同条款及公司规章制度综合判断。如有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况进一步分析。