结论：在交通事故中，若责任人没有第三方（即非工伤情形，但此处我们理解为虽涉及交通事故但按工伤处理的情况，实际应为工伤情形下的讨论），且员工处于停工留薪期，工资的全额发放责任通常在于公司。以下是对此问题的详细分析：
一、停工留薪期工资发放的基本原则
工伤认定与待遇：
- 根据《工伤保险条例》的相关规定，员工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的，应当认定为工伤。
- 工伤员工在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
停工留薪期的定义：
- 停工留薪期是指员工因工伤需要暂停工作接受工伤医疗的期间。
- 在此期间内，员工享受原工资福利待遇不变的政策。
二、交通事故与工伤的交叉处理
交通事故中的工伤认定：
- 若员工在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故伤害的，也应当认定为工伤。
- 这意味着，即使交通事故有第三方责任人，但只要员工非主要责任，且符合工伤认定条件，即可享受工伤待遇。
工资发放责任：
- 在工伤情形下，无论交通事故是否有第三方责任人，员工在停工留薪期内的工资发放责任均在于公司。
- 公司应按月支付员工原工资福利待遇，不得因交通事故有第三方责任人而拒绝或减少支付。
三、特殊情况下的处理
第三方责任与赔偿：
- 若交通事故有第三方责任人，且该责任人已向员工支付了误工费等赔偿，这并不影响员工享受工伤待遇。
- 员工仍有权要求公司支付停工留薪期内的工资，因为工伤待遇与交通事故赔偿是两个独立的法律关系。
公司未支付工资的处理：
- 若公司未按时支付员工停工留薪期内的工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 劳动监察部门或劳动仲裁机构将依法责令公司支付工资，并可能对公司进行处罚。
四、建议与注意事项
及时申请工伤认定：
- 员工在发生交通事故后，应及时向公司报告并申请工伤认定。
- 工伤认定的结果将直接影响员工能否享受工伤待遇及待遇的具体内容。
保留相关证据：
- 员工应保留与交通事故及工伤相关的所有证据，如交通事故认定书、医疗证明、工资单等。
- 这些证据将在后续申请工伤认定、索赔工资等过程中发挥重要作用。
咨询专业律师（此处虽为模板要求，但以更自然的方式表达）：
- 若员工在处理交通事故与工伤交叉问题时遇到困难或疑问，可以直接向我咨询。
- 我将根据具体情况为员工提供专业的法律建议和帮助。
综上所述，在交通事故中，若员工被认定为工伤且处于停工留薪期，公司应全额发放员工工资。若公司未履行此义务，员工有权通过法律途径维护自己的合法权益。