核心结论：停工留薪期6个月但只休息了3个月，具体处理方式需结合未休息原因、是否影响工伤待遇等综合判断，以下是具体分析：

1. 若未休息是因身体恢复后提前返岗，且单位认可
   根据《工伤保险条例》第三十三条，停工留薪期是“职工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的期限”，核心目的是保障治疗和康复。若您因身体恢复较快，在医生评估后提前返岗，且单位同意并正常支付工资，则属于合法情形，不影响工伤待遇。此时，剩余3个月停工留薪期自动终止，无需额外处理。

2. 若未休息是因单位要求返岗，且未支付正常工资
   若单位在您未完全康复时强制要求返岗，或返岗后降低工资标准（如只发基本工资、扣发奖金等），则涉嫌违法。根据条例，停工留薪期内原工资福利待遇不变，单位需按工伤前12个月平均工资全额支付。此时，您可要求单位补发差额工资，并可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 若未休息是因个人原因（如放弃治疗、擅自返岗），且影响工伤认定
   若您因个人原因未完成治疗（如未遵医嘱休息导致伤情加重），可能影响工伤认定或劳动能力鉴定结果。根据《工伤保险条例》第十八条，工伤认定需以“治疗终结”为前提，若因您自身原因导致治疗未终结，可能面临工伤待遇减少或无法认定的风险。此时，建议尽快补全医疗记录，证明伤情与工伤的关联性。

行动建议：

• 第一步：核对单位是否按工伤前工资标准支付了3个月工资（需包含奖金、津贴等）；
  
• 第二步：若单位存在违法情形（如强制返岗、扣发工资），收集劳动合同、工资条、返岗通知等证据，向劳动监察部门投诉或申请仲裁；
  
• 第三步：若伤情未完全康复，尽快联系医生补开医疗证明，明确剩余停工留薪期时长，避免影响后续待遇。
  

如有其他细节（如单位态度、伤情具体类型等），可进一步说明，我会为您细化分析。