针对您提出的问题，即一个入职两年的同事请病假已经三个月了，是否可以发限期返岗通知书，这需要根据具体情况和相关法律法规来综合判断。

首先，我们需要明确的是，员工请病假的期限并非随意设定，而是根据其实际工作年限和在本单位的工作年限来确定的。根据广州市人力资源和社会保障局的回复意见，对于实际工作年限十年以下，且在本单位工作年限五年以下的员工，其医疗期为三个月。这里的医疗期是指员工因患病或非因工负伤停止工作治病休息，而用人单位不得因此解除劳动合同的时限。

接下来，我们需要判断该同事的医疗期是否已满。如果该同事的医疗期确实已经满了三个月，并且没有获得延长医疗期的批准（例如，对于某些患特殊疾病的职工，在24个月内尚不能痊愈的，经企业和当地劳动部门批准，可以适当延长医疗期），那么理论上，该同事的病假期限已经结束。

然而，在发出限期返岗通知书之前，我们还需要考虑以下几点：

1. 员工身体状况：尽管医疗期已满，但员工是否确实已经康复，能够胜任原工作或调整后的工作，这是发出返岗通知前必须确认的。如果员工身体尚未恢复，强行要求其返岗可能对其健康造成进一步伤害，同时也可能引发劳动争议。

2. 沟通协商：在发出限期返岗通知书之前，建议先与员工进行沟通，了解其身体状况和返岗意愿。如果员工表示需要继续治疗或休息，用人单位可以考虑根据实际情况给予一定的宽限期或调整工作岗位。

3. 法律法规：在发出返岗通知时，必须确保通知内容合法合规，不侵犯员工的合法权益。例如，不能以员工未按时返岗为由直接解除劳动合同，而应先进行警告、记过等阶梯式管理措施。

4. 公司规章制度：如果公司有关于病假和返岗的明确规章制度，那么在发出返岗通知时，应确保通知内容符合公司规章制度的规定。

综上所述，如果该同事的医疗期已经满了三个月，且没有获得延长医疗期的批准，同时其身体状况已经允许返岗工作，那么用人单位可以考虑发出限期返岗通知书。但在发出通知前，建议先与员工进行沟通协商，确保通知内容合法合规且符合公司规章制度的规定。如果员工因身体原因确实无法按时返岗，用人单位应给予合理照顾和人文关怀，避免引发不必要的劳动争议。