结论：员工去仲裁没上班，公司以此为由写违纪辞退是否合法，需分情况讨论，不一定合法。以下从不同角度进行分析：
一、员工未上班的原因及性质
员工因工伤未上班：
- 如果员工是因为工伤而未能上班，且已经按照法定程序申请了工伤认定和劳动能力鉴定，那么在此期间，员工享有法定的停工留薪期，公司不得以此为由辞退员工。
- 法律依据：根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。
员工无正当理由未上班：
- 如果员工无正当理由未上班，且未按照公司规章制度履行请假手续，那么公司有权根据规章制度对员工进行纪律处分，包括辞退。
- 但需注意：公司在辞退员工前，应确保规章制度已经过民主程序制定，并向员工公示或告知，且辞退决定应基于充分的事实依据和合理的判断。
二、公司辞退程序的合法性
辞退程序需合法：
- 即使员工存在违纪行为，公司在辞退员工时，也必须遵循法定的程序，如提前通知、听取员工申辩、出具书面辞退通知等。
- 法律依据：根据《劳动合同法》第四十三条，用人单位单方解除劳动合同，应当事先将理由通知工会。用人单位违反法律、行政法规规定或者劳动合同约定的，工会有权要求用人单位纠正。用人单位应当研究工会的意见，并将处理结果书面通知工会。
未履行程序可能构成违法辞退：
- 如果公司未按照法定程序辞退员工，即使员工存在违纪行为，也可能构成违法辞退，需要承担相应的法律责任，如支付赔偿金等。
三、员工申请仲裁的影响
员工申请仲裁是其权利：
- 员工因与公司发生劳动争议而申请仲裁，是其依法行使权利的行为，不应成为公司辞退员工的理由。
公司不得因员工申请仲裁而报复：
- 如果公司因员工申请仲裁而对其进行报复性辞退，那么这种辞退行为显然是违法的，员工有权要求公司承担法律责任。
四、建议与措施
对于员工：
- 如果因工伤未上班，应确保已经按照法定程序申请了工伤认定和劳动能力鉴定，并保留好相关证据。
- 如果无正当理由未上班，应尽快与公司沟通，说明情况并履行请假手续，以避免不必要的纠纷。
- 如果公司违法辞退，可以依法向劳动仲裁机构申请仲裁，维护自己的合法权益。
对于公司：
- 在辞退员工前，应确保员工存在违纪行为，且该行为违反了公司规章制度。
- 应遵循法定程序进行辞退，如提前通知、听取员工申辩、出具书面辞退通知等。
- 应避免因员工申请仲裁而对其进行报复性辞退，以免承担法律责任。
总结：员工去仲裁没上班，公司以此为由写违纪辞退是否合法，需根据员工未上班的原因、公司辞退程序的合法性以及员工申请仲裁的影响等多方面因素进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。