公司是否会起诉自动离职的员工，这并非一个绝对的问题，而是取决于具体的情境和条件。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、可能引发公司起诉的特殊情况
违反服务期约定：
- 若员工与公司签订了包含服务期条款的劳动合同，并明确规定了违约责任，员工自动离职将构成违约。此时，公司有权起诉员工，要求其支付约定的违约金。例如，若公司为员工提供了专项培训并约定了服务期限及违约金，员工在服务期内自动离职，公司可依法追讨违约金。
涉及商业秘密或竞业限制：
- 员工在自动离职过程中，若违反保密协议或竞业限制协议，泄露公司的商业秘密或到竞争单位工作，对公司造成损害，公司有权提起诉讼，要求员工承担赔偿责任。此情形常见于高科技企业或拥有核心技术的企业。
未办理工作交接导致损失：
- 自动离职往往伴随着工作交接的缺失，若因此给公司带来重大经济损失，如关键项目资料、重要客户信息等未能妥善交接，公司可起诉员工要求赔偿。
二、公司通常不会起诉的原因
法律成本考量：
- 起诉过程耗时费力且需承担一定费用。若员工自动离职未给公司造成显著损失，或法律责任不明确，公司往往会基于成本效益考虑，选择不采取诉讼手段。
劳动关系解除的替代方式：
- 公司通常可通过合法程序，如在规章制度中明确自动离职的处理方式，或通过协商等方式解除劳动关系，从而避免诉讼。
三、自动离职的其他法律后果
违约责任：
- 劳动合同中若规定了离职通知义务或特定离职程序，员工未遵守将构成违约，虽不一定导致被起诉，但仍需承担相应的法律责任，如支付违约金或赔偿损失。
劳动关系解除问题：
- 自动离职并不等同于劳动关系的正式解除。员工需与公司协商或通过法律途径正式解除劳动关系，以避免后续纠纷。若未正式解除劳动关系，员工可能面临公司追讨工资、社保等费用的风险。
社保和公积金等问题：
- 自动离职可能影响员工的社保和公积金等福利。未及时办理相关手续可能导致这些福利的中断或损失。员工应尽快与公司办理离职手续，确保社保和公积金的连续缴纳。
四、建议与措施
员工角度：
- 在离职前，员工应仔细审查劳动合同和相关法律法规，确保自己的行为符合规定。
- 与公司保持良好沟通，按照正常流程办理离职手续，以确保劳动关系的顺利解除并保护自身合法权益。
- 若存在特殊情况（如公司违约、侵犯员工权益等），员工可咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并采取相应的法律措施。
公司角度：
- 公司应完善内部规章制度，明确自动离职的处理方式和违约责任。
- 在员工自动离职后，公司应及时发出书面通知，要求员工返回工作岗位或办理离职手续。
- 若员工未予回应或拒绝配合，公司可尝试与员工进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 若员工的行为给公司造成重大损失或违反法律法规，公司可咨询专业律师，了解起诉的可行性和风险，并采取相应的法律措施。
综上所述，公司是否会起诉自动离职的员工取决于具体情况。为避免不必要的法律风险，员工和公司都应了解相关法律法规和规章制度，并在离职过程中保持良好沟通，按照正常流程办理离职手续。如有任何疑问或需要帮助，可直接向我咨询。