结论：不愿自动离职，通常不会被单位起诉，但在某些特殊情况下，用人单位可能会选择通过法律途径来维护自身权益。以下是对此问题的详细分析：
一、通常不会起诉的原因
法律成本考量：
- 起诉过程耗时费力且需承担一定费用。若劳动者不愿自动离职，但并未给用人单位造成显著损失，或法律责任不明确，用人单位往往会基于成本效益考虑，选择不采取诉讼手段。
劳动关系解除的替代方式：
- 用人单位通常可通过合法程序，如在规章制度中明确离职的处理方式，或通过协商等方式解除劳动关系，从而避免诉讼。例如，若劳动者存在严重违反公司规章制度的行为，用人单位可以依据相关法律法规和公司规章制度，合法解除与劳动者的劳动关系，而无需通过起诉的方式。
二、可能引发起诉的特殊情况
违反服务期约定：
- 若劳动者与用人单位签订了包含服务期条款的劳动合同，并明确规定了违约责任，劳动者在不愿继续履行合同而自动离职的情况下，将构成违约。此时，用人单位有权起诉劳动者，要求其支付约定的违约金。例如，若公司为员工提供专项培训并约定了服务期限及违约金，员工在服务期内不愿继续工作而自动离职，公司可依法追讨违约金。
涉及商业秘密或竞业限制：
- 劳动者在离职过程中，若违反保密协议或竞业限制协议，泄露用人单位的商业秘密或到竞争单位工作，对用人单位造成损害，用人单位有权提起诉讼，要求劳动者承担赔偿责任。此情形常见于高科技企业或拥有核心技术的企业。
未办理工作交接导致损失：
- 若劳动者不愿自动离职，但未按照正常流程办理工作交接，导致用人单位遭受重大经济损失，如关键项目资料、重要客户信息等未能妥善交接，用人单位可起诉劳动者要求赔偿。
三、法律建议
审查劳动合同：
- 劳动者在离职前应仔细审查劳动合同，了解其中关于离职、服务期、保密协议和竞业限制等条款的规定，确保自己的行为符合合同约定。
与用人单位协商：
- 若劳动者不愿继续工作，建议与用人单位进行协商，按照正常流程办理离职手续，以避免不必要的法律纠纷。
保留证据：
- 在离职过程中，劳动者应保留好相关证据，如工作交接记录、与用人单位的沟通记录等，以备不时之需。
寻求法律帮助：
- 若劳动者在离职过程中遇到法律问题或纠纷，应及时向我咨询，以便获得专业的法律建议和帮助。
总结：不愿自动离职通常不会被单位起诉，但在特定情况下，如违反服务期约定、涉及商业秘密或竞业限制、未办理工作交接导致损失等，用人单位可能会选择通过法律途径来维护自身权益。因此，劳动者在离职前应仔细审查劳动合同，与用人单位进行协商，并保留好相关证据，以避免不必要的法律纠纷。如有任何疑问或需要帮助，请直接向我咨询。