可以起诉物流公司，但需根据具体情况分析胜诉可能性及维权路径。以下从不同角度展开说明：

1. 公司未缴纳社保的违法性及维权方式

根据《社会保险法》第58条、第60条，用人单位必须自用工之日起30日内为员工办理社保登记并缴纳社保费。若公司未履行该义务，司机可向当地社保部门投诉，要求公司补缴社保。此行为本身虽不直接导致工资被扣，但可作为公司违法用工的证据之一，增强后续诉讼的合理性。

2. 公司扣工资的合法性分析

公司扣工资是否合法需分情况讨论：

• 若出险是司机过错导致（如违规驾驶）：根据《工资支付暂行规定》第16条，公司可要求司机赔偿经济损失，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。若公司扣款超过法定比例或未保留书面赔偿协议，则属于违法扣款。
• 若出险非司机过错（如不可抗力、第三方责任）：公司无权扣工资，否则构成克扣工资，违反《劳动法》第50条。

3. 起诉物流公司的法律依据及路径

司机可基于以下理由起诉公司：

• 要求补缴社保：通过劳动仲裁或社保部门投诉，但需注意社保补缴不属于法院直接受理范围，需先通过行政途径解决。
• 要求返还违法扣款：若公司扣款违法，司机可依据《劳动合同法》第38条（未及时足额支付劳动报酬）主张解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资），同时返还被扣工资。
• 诉讼流程：向公司所在地或劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，可向法院起诉。

4. 关键证据收集建议

为提高胜诉率，司机需收集以下证据：

• 劳动关系证明（如劳动合同、工资条、考勤记录）；
• 公司未缴纳社保的证据（如社保查询记录、公司通知）；
• 扣工资的证据（如工资条、银行流水、扣款通知）；
• 出险责任认定材料（如交通事故认定书、公司内部调查报告）。

5. 风险提示

• 若司机无法证明扣款违法或出险责任归属，可能面临败诉风险；
• 社保补缴需在劳动关系存续期间主张，离职后可能无法通过劳动仲裁解决，需直接向社保部门投诉。

建议行动步骤：

1. 先与公司协商，要求补缴社保并返还工资；
   
2. 协商无果的，向当地社保部门投诉未缴社保问题；
   
3. 同时向劳动仲裁委申请仲裁，主张违法扣款及经济补偿金。
   

如有进一步疑问或需协助整理证据，可直接向我咨询。