核心结论：员工离职两年后突然收到财务通知称5年前备用金未退，这种情况需要从法律时效、证据留存、公司内部流程合规性等多个角度综合分析和处理。以下是具体分析：

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1. 法律时效问题

根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，普通诉讼时效为三年，自权利人知道或应当知道权利受到损害之日起计算。对于备用金未退的情况：

• 如果公司从员工离职时（即5年前）就已知备用金未退，且未在三年内主张权利，则可能已超过诉讼时效，公司丧失通过法律途径追讨的权利。
• 如果公司能证明最近两年内才发现备用金未退（例如通过审计），则诉讼时效可能从发现之日起重新计算，但这种情况需要公司举证，且实践中较难成立。

建议：员工可要求公司提供书面证据，证明其主张权利的时间点。如果公司无法提供，员工可主张诉讼时效已过，拒绝退还。

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2. 备用金的性质与约定

备用金通常属于公司为员工提供的临时性借款，用于公务支出。员工离职时，应按公司规定结清备用金：

• 如果员工离职时已提交报销凭证并结清备用金，但公司未及时处理，责任在公司。
• 如果员工确实未退还备用金，且公司能提供借款合同、离职交接单等证据，员工需承担退还责任。

建议：员工应核查离职时的交接记录、报销凭证等材料，确认是否已结清备用金。如果已结清，可要求公司提供反证；如果未结清，需评估是否需退还。

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3. 公司内部流程合规性

公司对备用金的管理应符合内部财务制度：

• 如果公司未在员工离职时按流程核查备用金，属于管理疏漏，员工可主张公司未尽到提醒义务。
• 如果公司内部流程明确要求离职时结清备用金，但未执行，员工仍可能需承担部分责任，但可主张公司存在过错。

建议：员工可要求公司提供备用金管理制度、离职交接流程等文件，评估公司是否存在管理漏洞。

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4. 员工的应对措施

• 核实通知真实性：要求公司出具书面通知，明确备用金金额、借款时间、未退还依据等。
• 核查证据：检查离职时的交接记录、报销凭证、银行流水等，确认是否已结清。
• 协商解决：如果确实未退还，可与公司协商分期退还或抵扣其他款项。
• 法律途径：如果公司威胁采取法律行动，员工可咨询专业律师，评估公司主张的合法性。

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5. 公司的法律风险

如果公司坚持追讨且员工拒绝，公司可能面临：

• 诉讼时效抗辩：员工可主张诉讼时效已过，法院可能驳回公司诉求。
• 举证不能风险：公司需证明备用金未退且未超过时效，否则可能败诉。
• 管理责任：公司可能因内部流程不合规被监管部门处罚。

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总结：员工需结合诉讼时效、证据留存、公司流程等因素综合判断。如果公司无法提供充分证据，员工可拒绝退还；如果证据充分，员工需评估是否需退还或协商解决。建议员工根据具体情况采取相应措施，必要时可向我进一步咨询。