针对员工未归还备用金的问题，处理方式可以依据公司的具体规章制度以及相关法律法规来进行。以下是一些建议的处理步骤：

一、初步沟通与确认

1. 首先，应与未归还备用金的员工进行初步沟通，了解其未归还的原因，是否存在误解或特殊情况。
2. 确认备用金的借款金额、借款时间、借款用途以及应归还的时间等关键信息，确保双方对事实有清晰的认识。

二、依据公司规章制度处理

1. 查阅公司备用金管理制度：根据公司的备用金管理制度，明确员工备用金的借款、使用、报销及归还流程，以及逾期未归还的处罚措施。
2. 执行处罚措施：若员工确实存在逾期未归还备用金的情况，且无正当理由，公司可依据制度规定采取相应的处罚措施，如扣除工资、奖金、福利等，或者要求员工立即归还并支付逾期利息。
3. 记录并跟踪：将员工的借款、归还及处罚情况详细记录在案，以便日后跟踪和查询。

三、加强备用金管理

1. 完善借款审批流程：加强备用金的借款审批流程，确保每次借款都有明确的用途和合理的预算，减少不必要的借款。
2. 定期核对与催收：财务部门应定期核对备用金的余额，对于逾期未归还的借款，应及时进行催收，确保资金的安全和及时回收。
3. 加强员工培训：加强对员工的财务培训和备用金管理制度的宣传，提高员工的财务意识和法律意识，减少类似问题的发生。

四、法律途径追讨

若员工拒绝归还备用金，且公司内部的处罚措施无法有效执行，公司可考虑通过法律途径来追讨。这包括但不限于向法院提起诉讼、申请强制执行等。在此过程中，公司应保留好相关证据，如借款合同、借款单据、沟通记录等，以便在法律纠纷中维护自己的合法权益。

综上所述，处理员工未归还备用金的问题需要综合考虑公司的规章制度、员工的实际情况以及法律法规的要求。通过初步沟通、依据公司规章制度处理、加强备用金管理以及必要时采取法律途径追讨等方式，可以有效解决这一问题并确保公司资金的安全和合规使用。