针对您提出的“医疗期后不能上班单位怎么赔偿”的问题，我将结合相关法律法规和实际操作，为您详细解答。

一、法律依据与基本原则

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，当劳动者在医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作时，用人单位在合法解除劳动合同时，需要支付相应的经济补偿。这是基于保护劳动者权益的同时，也兼顾用人单位的合理经营需求。

二、合法解除合同的赔偿情况

1. 经济补偿金的计算：

   • 经济补偿金是按照劳动者在本单位工作的年限来计算的，每满一年支付一个月工资的标准。
   • 如果工作六个月以上但不满一年，按一年计算；不满六个月的，则支付半个月工资的经济补偿。
   • 这里的月工资是指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
   • 需要注意的是，如果劳动者月工资高于当地职工月平均工资三倍，那么经济补偿金的标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，且最高不超过十二年。

2. 医疗补助费（视地方规定而定）：

   • 在某些地区，除了经济补偿金外，用人单位还需支付不低于劳动者本人六个月工资收入的医疗补助费。
   • 对于患重病和绝症的劳动者，医疗补助费应相应增加，以体现对特殊情况的关怀。

三、违法解除合同的赔偿情况

如果用人单位未按照法定程序解除劳动合同，比如未提前通知或未额外支付工资，那么就属于违法解除。在这种情况下，用人单位需要按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金，以惩罚其违法行为并保障劳动者的权益。

四、特殊情况处理

1. 医疗期内：在医疗期内，劳动者享有法定的病假权益，用人单位不得解除劳动合同。

2. 特殊劳动者保护：

   • 对于从事接触职业病危害作业的劳动者、因工负伤并被确认丧失或部分丧失劳动能力的劳动者，以及女职工在孕期、产期、哺乳期等特殊情况下的保护，都有相应的法律法规进行特别规定。
   • 在这些情况下，用人单位需要更加谨慎地处理劳动合同解除问题，以避免违法并承担相应的法律责任。

五、实际操作建议

1. 劳动能力鉴定：如果劳动者医疗期满后仍不能上班，建议先进行劳动能力鉴定，以明确劳动者的实际劳动能力状况。

2. 协商调整工作岗位：根据劳动者的实际身体状况，用人单位可以与其协商调整工作岗位，提供与其能力相匹配的岗位选择。

3. 合法解除劳动合同：如果确实需要解除劳动合同，用人单位应严格遵守法律法规，确保程序的合法性，并支付相应的经济补偿金或赔偿金。

4. 保留证据：在整个处理过程中，用人单位和劳动者都应完整保存医疗记录、鉴定报告、协商记录等文件，作为争议处理的依据。

综上所述，医疗期后不能上班时单位的赔偿问题需要根据具体情况来确定是合法解除还是违法解除，并据此支付相应的经济补偿金或赔偿金。同时，用人单位还需注意特殊劳动者的保护和可能产生的医疗补助费责任。希望这些解答能对您有所帮助。