结论：星期一休息扣周末加班工资的做法通常是不合理的，但具体是否合理需结合加班事实、工资支付规定及公司规章制度综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 从加班工资支付规则看

根据《劳动法》第四十四条，用人单位安排劳动者在休息日（如周末）加班且未安排补休的，应支付不低于工资200%的加班费；若安排补休，则无需支付加班费。

• 若公司未安排补休，直接扣减周末加班工资：属于违法行为，劳动者有权要求公司补发加班费，或向劳动监察部门投诉。
  
• 若公司以“星期一休息”作为补休：需满足两个条件：
  （1）劳动者同意该补休安排；
  （2）补休与加班时间对应（如周末加班1天，补休1天）。
  若公司单方面扣减工资且未提供等时补休，仍构成违法。

2. 从公司规章制度合法性看

公司规章制度若规定“周末加班以星期一休息抵扣，不支付加班费”，需满足：

• 程序合法：规章制度经民主程序制定（如职工代表大会讨论），并公示或告知劳动者；
  
• 内容合法：不得违反《劳动法》关于加班工资支付的强制性规定。
  若规章制度未履行上述程序，或内容违法，则对劳动者不产生约束力，公司仍需支付加班费。

3. 从劳动者维权路径看

若公司存在违法扣减加班工资的行为，劳动者可采取以下措施：

• 与公司协商：要求公司补发工资或调整补休安排；
  
• 向劳动监察部门投诉：提供加班记录、工资条等证据，要求公司整改；
  
• 申请劳动仲裁：若投诉无果，可向劳动仲裁委员会申请仲裁，主张加班费及经济补偿。

4. 特殊情形提示

• 综合计算工时制：若劳动者适用综合计算工时制，周末加班可能被纳入周期内总工时计算，此时公司可能无需支付200%加班费（但需保证周期内总工时不超过法定标准）。
  
• 不定时工时制：若劳动者适用不定时工时制，周末加班通常不支付加班费（但法定节假日加班仍需支付300%工资）。

建议：若您遇到此类情况，可先核对公司规章制度、劳动合同及加班记录，明确公司是否履行了补休或支付加班费的义务。如有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况进一步分析。