结论：在标准工时制下，如果工作合同或协议明确约定工资仅按周一至周五的正常工作时间计算，且未安排周末加班或已按规定支付加班费，那么周一到周五休息扣星期六和星期天的工资是合法的。但具体情况还需根据劳动合同的具体条款以及是否存在加班等特殊情况来判断。

详细分析：

1. 标准工时制下的工资计算：

   • 根据我国《劳动法》的规定，劳动者每日工作时间不超过八小时，平均每周工作时间不超过四十四小时。一般企业实行的是每周五天、每天八小时的工作制度，即标准工时制。
   • 在此制度下，如果用人单位与劳动者约定的工资是月薪，并且该月薪对应的是周一至周五的正常工作时间的劳动报酬，那么仅按照工作日计算工资是合理的。因为周末是劳动者的休息时间，用人单位无需为这段时间支付额外工资。

2. 合同约定的重要性：

   • 工作合同或劳动协议中应明确规定工作时间和休息时间。如果合同中明确了周一至周五为工作日，且工资按这五天计算，那么这种安排通常是合法的。
   • 如果合同中没有明确约定，或者约定模糊，那么劳动者有权要求用人单位按照实际工作时间支付工资，包括周末的加班费（如果存在加班情况）。

3. 特殊情形下的工资支付：

   • 加班：如果用人单位安排劳动者在周末加班，并且没有安排补休，那么需要按照《劳动法》第四十四条的规定支付加班费，即不低于工资的百分之二百的工资报酬。
   • 综合工时制或不定时工时制：在这两种特殊工时制下，如果经劳动行政部门审批通过，企业会按照相应的周期（如周、月、季、年等）来综合计算工作时间。在这种情况下，工资的计算方式可能会有所不同，但同样需要确保劳动者的休息权利得到保障，并在必要时依法支付加班费。

权益保障建议：

1. 查阅合同：劳动者应仔细查阅自己的工作合同或劳动协议，确保其中明确规定了工作时间、休息时间和工资计算方式。
2. 沟通协商：如果觉得自己的工作时间超过了法定标准或工资计算方式不合理，应与雇主进行沟通协商，以维护自己的合法权益。
3. 保留证据：如遇公司违反劳动法规定，劳动者应保留相关证据（如工作记录、加班通知等），以便在必要时通过法律途径维护自身权益。

示例说明：

假设劳动者与用人单位签订的劳动合同中明确约定，月薪对应的是周一至周五的正常工作时间的劳动报酬，且周末为休息时间，不支付额外工资。在这种情况下，如果劳动者在周末没有加班，那么用人单位扣除周末的工资是合法的。但是，如果用人单位安排劳动者在周末加班且没有支付加班费，那么劳动者的权益就受到了侵害，有权要求用人单位支付相应的加班费。

总之，在判断周一到周五休息扣星期六和星期天的工资是否合法时，需要综合考虑劳动合同的具体条款、工作时间安排以及是否存在加班等特殊情况。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。