结论：公司周一休息扣周日工资的做法是否合理，需根据具体情况判断，但通常情况下，若公司未与员工协商一致且无法律依据，这种做法是不合理的。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同和公司规章制度的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了员工的休息日和工资支付方式，且未提及因周一休息而扣减周日工资的情况，那么公司扣减周日工资的行为可能违反了劳动合同的约定。
- 员工有权依据劳动合同的约定，要求公司支付全额工资，包括周日的工资。
公司规章制度：
- 公司规章制度应当合法、合理，且经过民主程序制定并公示。如果规章制度中规定了因周一休息而扣减周日工资的内容，但这一规定违反了法律法规的强制性规定或显失公平，那么该规定可能无效。
- 员工有权对不合理的规章制度提出异议，并要求公司按照法律法规和劳动合同的约定支付工资。
二、从法律法规的角度
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 如果公司因周一休息而扣减周日工资，且无法提供合理的解释和法律依据，那么这种行为可能构成克扣工资，违反了法律法规的规定。
休息日安排：
- 休息日是劳动者的合法权益，用人单位应当保障劳动者每周至少休息一日。如果公司因工作需要安排员工在周一休息，而周日正常工作，那么公司应当按照法律法规的规定支付周日的加班工资（如果周日属于加班日的话），而不是扣减周日工资。
三、从实际操作和合理性的角度
协商一致原则：
- 如果公司因特殊原因需要调整员工的休息日，并因此扣减周日工资，那么公司应当与员工进行协商，并达成一致意见。未经员工同意，公司不得单方面扣减工资。
合理性考量：
- 从合理性的角度来看，公司因周一休息而扣减周日工资的做法可能缺乏合理性。因为休息日是劳动者的基本权益，公司应当通过合理安排工作时间和休息时间来保障员工的权益，而不是通过扣减工资的方式来调整。
建议
与公司沟通：
- 如果员工发现公司因周一休息而扣减了周日工资，首先应当与公司进行沟通，了解公司的具体做法和依据，并表达自己的异议和诉求。
寻求法律援助：
- 如果沟通无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
保留证据：
- 在处理此类问题时，员工应当保留好相关的证据，如劳动合同、工资条、公司规章制度等，以便在需要时提供证明。
总之，公司周一休息扣周日工资的做法是否合理，需根据具体情况判断。如果公司无法提供合理的解释和法律依据，且未经员工同意，那么这种做法通常是不合理的。员工有权依据法律法规和劳动合同的约定，要求公司支付全额工资，并维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。