结论：该操作是否合法不能一概而论，需分情况讨论，关键在于是否符合会计准则、税法规定以及内部承包协议的约定。以下从不同角度展开分析：

1. 从会计准则角度：需区分“工资成本”与“项目成本”的核算逻辑

• 合法情形：若项目经理的工资、社保属于为该项目直接发生的劳务成本（如项目经理全职服务于该项目，且工资与项目进度、成果直接挂钩），则计入项目成本符合《企业会计准则》中“配比原则”（收入与成本应匹配）。例如，建筑项目中项目经理的薪酬通常作为直接人工成本计入项目总造价。
• 违法风险：若项目经理的工资实际属于公司管理费用（如项目经理同时管理多个项目，或工资与项目无直接关联），但公司通过“全部计入项目成本”的方式人为调节利润（如减少公司整体税负或转移成本），则可能违反《企业会计准则》中“真实性”“合理性”原则，涉嫌财务造假。

2. 从税法角度：需关注成本扣除的合法性

• 合法情形：根据《企业所得税法》及实施条例，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出（包括工资、社保）可税前扣除。若项目经理的工资、社保确属项目必要支出，且能提供完整凭证（如劳动合同、考勤记录、社保缴纳证明等），则计入项目成本并税前扣除合法。
• 违法风险：若公司通过“虚增项目成本”方式减少应纳税所得额（如将非项目相关人员工资计入项目成本），可能构成偷税行为，面临税务机关追缴税款、滞纳金及罚款（《税收征收管理法》第63条）。

3. 从内部承包协议角度：需审查合同约定

• 合法情形：若公司与项目经理签订的内部承包协议明确约定“项目经理的工资、社保由公司承担并计入项目成本”，且该约定不违反法律强制性规定（如最低工资标准、社保缴纳义务等），则公司操作合法。
• 违法风险：若协议未约定或约定模糊，但公司单方面将工资、社保全部计入项目成本，可能引发以下纠纷：
  • 项目经理主张权益：若项目经理认为工资、社保应由公司另行支付（而非从项目收益中扣除），可能以“未足额支付劳动报酬”为由申请劳动仲裁；
  • 公司股东或债权人质疑：若公司通过成本转移损害股东利益（如虚增成本减少分红）或债权人利益（如降低偿债能力），可能面临内部治理纠纷或外部诉讼。

4. 从劳动法角度：需确保工资、社保支付合规

• 核心要求：无论工资是否计入项目成本，公司均需按《劳动法》《社会保险法》规定足额支付工资、缴纳社保。若公司以“计入项目成本”为由拖欠工资或未缴社保，即使财务处理合法，仍需承担劳动法责任（如补缴社保、支付经济补偿金）。

建议操作

1. 完善内部制度：明确项目经理的工资、社保支付方式（如固定薪资+项目提成），并在承包协议中约定成本分摊规则；
2. 规范财务处理：确保工资、社保支出与项目直接相关，并留存完整凭证（如项目考勤、工资表、社保缴纳记录）；
3. 定期审计核查：避免通过成本调节逃避税负或损害第三方利益，降低法律风险。

如有进一步疑问（如具体行业操作、协议条款设计等），可直接向我咨询。