在内部承包中，用工程款发放承包人工资是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

合法情形

1. 双方约定明确且合法：

   • 如果内部承包合同中明确约定了工程款的一部分或全部可用于支付承包人的工资，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种支付方式就是合法的。
   • 例如，合同中可以约定：“工程款中的XX%将直接用于支付承包人的工资，剩余部分用于其他工程开支。”这样的约定既明确了支付方式，也符合合同自由原则。

2. 符合行业惯例或公司内部规定：

   • 在某些行业或公司内部，可能存在用工程款支付承包人工资的惯例或规定。如果这种惯例或规定不违反法律法规，且双方均认可并遵循，那么这种支付方式也是合法的。

违法或存在风险情形

1. 违反法律法规强制性规定：

   • 如果内部承包合同中的支付方式违反了法律法规的强制性规定，如最低工资标准、工资支付周期等，那么这种支付方式就是违法的。
   • 例如，如果合同中约定用工程款支付工资，但支付的工资低于当地最低工资标准，或者支付周期超过法定最长周期，那么这种支付方式就是违法的。

2. 损害劳动者权益：

   • 如果用工程款支付工资的方式损害了承包人的合法权益，如未按时足额支付工资、未提供必要的劳动保护等，那么这种支付方式也是不合法的。
   • 例如，如果因为工程款支付延迟导致承包人工资无法按时发放，进而影响了承包人的生活或工作，那么这种支付方式就可能构成违法。

3. 存在逃税或洗钱风险：

   • 如果用工程款支付工资的方式被用于逃税或洗钱等非法活动，那么这种支付方式不仅违法，还可能涉及刑事犯罪。
   • 例如，通过虚构工程款或工资支付来逃避税收监管或转移非法所得，这种行为是严重违法的。

法律建议

1. 明确合同约定：

   • 在签订内部承包合同时，应明确约定工程款的支付方式和用途，包括是否可用于支付承包人的工资以及支付的具体比例和方式等。

2. 遵守法律法规：

   • 在支付工资时，应严格遵守相关法律法规的规定，如最低工资标准、工资支付周期等，确保承包人的合法权益得到保障。

3. 保留相关证据：

   • 在支付工资过程中，应保留好相关证据，如工资支付记录、银行转账凭证等，以便在发生纠纷时能够证明自己的支付行为合法合规。

4. 及时咨询专业律师：

   • 如果对内部承包中用工程款支付工资的法律问题存在疑问或担忧，建议及时咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。

总之，内部承包中用工程款发放承包人工资是否合法，需根据具体情况来判断。在签订合同时应明确约定支付方式和用途，并严格遵守相关法律法规的规定，以确保支付行为的合法合规。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。