以工资的形式发放工程款是不合法的。以下从几个方面进行详细分析：
法律性质与目的不符：
- 工资是劳动者因提供劳动而获得的报酬，其支付对象是与用人单位建立劳动关系的劳动者。
- 工程款则是发包人根据合同约定，支付给承包人用于完成特定工程项目的费用。它包含了材料费、人工费、管理费等多种成本，并不仅仅是对劳动者劳动的报酬。
- 将工程款以工资形式发放，混淆了两种不同性质的法律关系，违反了相关法律法规的规定。
税务与财务处理问题：
- 工资和工程款在税务处理上存在显著差异。工资需要按照个人所得税法进行纳税申报和缴纳，而工程款则可能涉及增值税、企业所得税等多种税种。
- 以工资形式发放工程款，可能导致税务处理上的混乱和错误，进而引发税务风险。
- 从财务角度来看，这种做法也可能导致账目不清，影响企业的财务管理和决策。
法律责任与风险：
- 如果以工资形式发放工程款，一旦发生纠纷或争议，双方可能面临法律责任和风险。例如，劳动者可能主张其并未提供与工程款相对应的劳动，从而要求额外支付工资或补偿；而发包人则可能面临税务处罚、合同违约等法律责任。
- 此外，这种做法还可能损害其他债权人的利益，如材料供应商、分包商等，他们可能因无法及时获得工程款而面临经营困难。
合规建议：
- 发包人和承包人应严格按照合同约定和法律法规的规定，分别支付工资和工程款。
- 对于工资支付，应确保与劳动者签订书面劳动合同，明确工资标准、支付方式等条款，并按时足额支付。
- 对于工程款支付，应确保合同条款清晰明确，包括工程范围、工期、质量标准、付款方式等，并按照合同约定及时支付。
总结来说，以工资的形式发放工程款是不合法的，它违反了相关法律法规的规定，可能导致税务处理混乱、法律责任与风险增加等问题。因此，发包人和承包人应严格遵守法律法规和合同约定，分别支付工资和工程款。如果您在劳动工伤或工资福利方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。