以农民工工资方式付工程款，在符合特定条件与法律规定的情况下是合法的。以下从不同角度对此问题进行分析：
法律基础与政策支持
《保障农民工工资支付条例》的规定：
- 根据《保障农民工工资支付条例》第二十九条，建设单位有义务按照合同约定及时拨付工程款，并将人工费用足额拨付至农民工工资专用账户。这一规定确保了农民工工资的支付有明确的资金来源和保障。
- 若因建设单位未按照合同约定及时拨付工程款导致农民工工资拖欠，建设单位应当以未结清的工程款为限先行垫付被拖欠的农民工工资。这进一步强化了建设单位在保障农民工工资支付方面的责任。
政策倾向：
- 政府高度重视农民工权益保护，将保障农民工工资支付作为维护社会稳定和公平正义的重要任务。因此，在符合法律规定的情况下，执行工程款用于支付民工工资是受到政策积极支持的。
实际操作中的具体情况
工程款结余时：
- 当工程款归属明确且有结余时，应优先用于支付民工工资。这是为了保障农民工的基本生活和权益，确保他们能够及时获得应得的劳动报酬。
- 法院在执行工程款时，通常会遵循法定的清偿顺序，其中民工工资处于优先受偿地位。这意味着在工程款分配过程中，农民工的工资将得到优先保障。
工程款存在争议或被拖欠时：
- 若工程款的支付存在争议，需先通过协商、调解、仲裁或诉讼等合法途径解决争议。在查明事实后，如建设单位确实拖欠工程款导致民工工资无法按时支付，可采取相应措施，如责令建设单位垫付或直接从工程款中扣除相应金额支付民工工资。
工程款已用于其他合理用途时：
- 若工程款已被用于其他合理支出，如材料采购、设备租赁等，且这些支出是项目顺利进行所必需的，那么需综合考虑各方利益。在这种情况下，法院可能根据具体情况合理分配工程款，同时民工可通过其他途径维权，如要求施工单位承担支付责任或向建设单位主张权利。
维权途径与建议
- 当农民工工资被拖欠时，劳动者可与用人单位协商解决，也可通过仲裁程序解决争议。仲裁庭将先行调解，调解不成则作出裁决。一方不履行生效的仲裁调解书或裁决书，另一方可申请人民法院强制执行。
- 为了避免工资拖欠问题的发生，建议农民工在签订劳动合同时明确约定工资支付方式、周期和金额等条款，并保留好相关证据。同时，用人单位也应加强内部管理，确保按时足额支付农民工工资。
总结来说，以农民工工资方式付工程款在符合法律规定和特定条件下是合法的，且受到政策的积极支持。在实际操作中，需根据具体情况采取不同的措施来确保农民工的合法权益得到有效保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。