建设工程中代付农民工工资是合法的，且施工总承包单位在代发农民工工资方面承担着重要的法律责任和义务。以下是对这一问题的详细解析：

一、法律依据与制度背景

根据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，施工总承包单位在农民工工资支付中扮演着关键角色。该条例明确推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度，这一制度旨在规范工资支付行为，确保农民工能够及时、足额地领取到应得的工资，从而保障农民工的合法权益，避免工资拖欠问题，并促进建筑业的健康发展。

二、代发工资的具体流程

1. 开设专用账户：施工总承包单位需设立专项用于农民工工资支付的银行账户，实现工资资金的专款专用，确保资金的安全与有效管理。
2. 接收与审核工资支付表：分包单位按月考核农民工工作量，并编制详细的工资支付表。该表需经农民工本人签字确认后，提交给施工总承包单位进行审核。施工总承包单位应仔细核对工资支付表的真实性和准确性，确保无误。
3. 直接代发工资：审核通过后，施工总承包单位通过农民工工资专用账户，将工资直接支付到农民工本人的银行账户，确保工资发放的及时性和准确性。同时，向分包单位提供代发工资凭证，以备后续查证和结算。

三、施工总承包单位的责任与义务

1. 监督责任：施工总承包单位需对分包单位的劳动用工和工资发放情况进行持续监督，确保分包单位遵守相关法律法规，保障农民工的合法权益不受侵害。
2. 清偿责任：若分包单位出现拖欠农民工工资的情况，施工总承包单位应承担先行清偿的责任，确保农民工的工资得到及时支付。随后，施工总承包单位可依法向分包单位进行追偿，维护自身的合法权益。

四、法律制度的意义与影响

施工总承包单位代发农民工工资制度的实施，对于保障农民工的合法权益、规范工程建设领域的工资支付行为具有重要意义。它不仅有助于解决工资支付环节多、容易被截留或克扣的问题，还明确了施工总承包单位在工资支付中的法律责任，促进了建筑业的健康发展和社会的和谐稳定。

五、实际操作中的注意事项

在实际操作中，施工总承包单位应严格按照相关法律法规和制度要求，确保农民工工资的按时足额发放。同时，分包单位也应积极配合施工总承包单位的工作，提供真实、准确的工资支付表，共同维护农民工的合法权益。

总结来说，建设工程中代付农民工工资是合法的，且施工总承包单位在代发过程中承担着重要的法律责任和义务。如果您在建设工程领域遇到工资支付方面的问题，或者对代发工资制度有任何疑问，都可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况，提供专业的法律建议和帮助。