平行发包施工单位代发农民工工资，在符合相关法规及操作规范的前提下，是合法的。以下从法律解析、操作流程、责任界定三个角度进行详细说明：

法律解析

根据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，特别是第三十一条，明确指出在工程建设领域推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度。虽然该条款直接提及的是施工总承包单位，但平行发包施工单位在特定情境下（如作为实际施工管理方或受分包单位委托），若遵循类似原则和操作流程代发工资，并不违反法律精神。关键在于代发行为需确保工资支付到农民工本人，且符合货币支付、足额支付等基本要求。

操作流程

若平行发包施工单位决定代发农民工工资，应参照总包单位代发的操作流程进行：

1. 设立专用账户：在工程项目所在地银行开设“农民工工资专用账户”，确保专款专用。
2. 编制工资支付表：要求分包单位按月考核农民工工作量，并编制工资支付表，经农民工本人签字确认后提交。
3. 审核与代发工资：对分包单位提交的工资支付表进行审核，确认无误后，通过专用账户将工资直接支付到农民工本人的银行账户，并提供代发工资凭证。

责任界定

在代发过程中，平行发包施工单位需明确自身责任：

1. 对工资支付的监督责任：确保分包单位按时足额提供工资支付信息，监督工资发放过程。
2. 代发工资的直接责任：若决定代发，需确保工资专用账户资金充足，及时、足额代发工资。
3. 法律责任：若因代发行为导致工资发放问题，如拖欠、少发等，需承担相应法律责任。同时，若分包单位拖欠农民工工资，且平行发包施工单位作为实际施工管理方或受委托方，在特定情况下可能需先行清偿，并依法进行追偿。

注意事项与建议

1. 合同明确：在平行发包合同中，应明确代发工资的责任、流程及违约责任，以避免后续纠纷。
2. 合规操作：确保代发行为完全符合《保障农民工工资支付条例》及其他相关法律法规的要求。
3. 风险防控：建立风险防控机制，如定期审计工资发放情况，确保资金安全。
4. 及时沟通：与分包单位、农民工保持及时沟通，确保工资发放信息的准确性和及时性。

总结来看，平行发包施工单位在符合法规及操作规范的前提下代发农民工工资是合法的。但需注意合同明确、合规操作、风险防控及及时沟通等方面，以确保代发行为的顺利进行并保障各方合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。