农民工工资由上级公司代发，这一行为本身并不违法，但需满足一定的条件和程序。以下从不同角度为您详细分析：

1. 合法性基础：

   • 根据《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，农民工工资应当以货币形式，通过银行转账或者现金支付给农民工本人，不得以实物或者有价证券等其他形式替代。同时，这些法规并未明确禁止上级公司代发工资的行为，只要代发行为符合相关规定，如确保工资直接支付给农民工本人，且支付过程透明、可追溯，就是合法的。

2. 代发工资的条件：

   • 合同约定：如果农民工与用人单位（如施工总承包单位或分包单位）签订的劳动合同中明确约定了工资由上级公司代发，且这一约定不违反法律法规的强制性规定，那么代发行为就是合法的。
   • 农民工同意：即使劳动合同中没有明确约定，但如果农民工本人同意由上级公司代发工资，且这一行为没有损害农民工的合法权益，也可以视为合法。
   • 支付保障：代发工资的公司必须确保工资按时足额支付给农民工，不得拖欠或克扣。同时，代发过程应当透明，有完整的支付记录，以便农民工查询和维权。

3. 潜在风险与防范：

   • 责任划分：虽然上级公司代发工资本身不违法，但如果出现拖欠或克扣工资的情况，农民工可能会面临维权困难。因此，建议农民工在签订劳动合同时，明确工资支付主体和支付方式，以便在出现问题时能够迅速找到责任方。
   • 证据保留：农民工应当保留好与工资支付相关的证据，如工资条、银行转账记录等，以便在维权时提供有力证据。
   • 法律途径：如果农民工的工资被拖欠或克扣，他们可以通过法律途径来维护自己的合法权益，如向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等。

4. 实际操作建议：

   • 明确约定：在签订劳动合同时，农民工应当与用人单位明确约定工资支付主体和支付方式，避免出现模糊不清的情况。
   • 监督支付：农民工可以定期查询自己的工资支付情况，确保工资按时足额支付。如果发现工资被拖欠或克扣，应当及时与用人单位沟通并寻求解决方案。
   • 寻求帮助：如果农民工在维权过程中遇到困难或问题，可以向当地的劳动监察部门、法律援助机构或律师寻求帮助和支持。

总结来说，农民工工资由上级公司代发本身并不违法，但需满足一定的条件和程序。为了确保自己的合法权益不受侵害，农民工应当在签订劳动合同时明确约定工资支付主体和支付方式，并保留好相关证据。如果出现问题或困难，应当及时寻求法律帮助和支持。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的解答，请直接向我咨询。