公司员工工资由劳务公司代发，在符合相关法律法规和规定的前提下是合法的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
合法性基础
法律依据：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位有权委托银行或劳务公司代发工资。这一规定为劳务公司代发工资提供了明确的法律基础。
常见情形：
- 业务合作需求：一些企业为简化薪酬管理流程，会选择将工资发放业务外包给劳务公司。特别是小型企业，可能因缺乏专门的人力资源和财务团队来处理复杂的工资计算与发放工作，而与劳务公司合作，由后者负责代发员工工资。
- 劳务派遣业务：在劳务派遣模式下，劳务公司作为用人单位与被派遣劳动者签订劳动合同，并将劳动者派遣到用工单位工作。根据规定，劳务公司需承担支付被派遣劳动者工资的义务，因此会代发被派遣员工的工资。
合法情形与要求
签订正规协议：
- 用人单位与劳务公司之间必须签订合法有效的委托代发工资协议。该协议应明确约定代发工资的范围、方式、时间、费用等具体内容，以确保双方权利和义务的清晰界定。
资质合规：
- 劳务公司从事代发工资业务，需具备相应的资质条件，如取得劳务派遣资质等。未取得相关资质的劳务公司不得从事此业务，否则将面临违法风险。
遵守法律法规：
- 代发工资过程必须严格遵守国家关于工资支付的各项法律法规，包括按照用人单位提供的工资清单及时、足额地将工资发放到劳动者手中，不得克扣或无故拖欠工资。
税收合规：
- 劳务公司和用人单位在代发工资时，都应遵守相关的税收法规，确保工资的发放符合税务要求，避免偷税漏税行为。
保护劳动者权益：
- 劳务公司在代发工资过程中，应充分保护劳动者的合法权益，包括但不限于提供工资明细、保障工资的保密性、确保工资的安全和准时发放等。
潜在风险与注意事项
合法资质审查：
- 企业在选择劳务公司时，应仔细审查其资质、信誉及历史业绩，确保其能够合法、规范地提供劳务派遣和代发工资服务。若劳务公司无合法资质或资质不全，其代发工资行为可能违法。
规范操作监督：
- 劳务公司在代发工资过程中应遵守相关法律法规，不得存在欺诈、拖欠工资等行为。企业应与劳务公司协商建立完善的监督机制，如定期对账、审计等，以确保工资准确、及时发放，并保障企业资金和税务安全。
员工权益保障：
- 企业应确保劳务公司能够充分保护劳动者的合法权益，如提供工资明细、保障工资的保密性等。若劳务公司在代发工资过程中侵犯了劳动者的权益，企业也可能承担相应的法律责任。
违法情形与后果
未取得资质代发：
- 若劳务公司未取得相应资质而从事代发工资业务，将面临违法风险，可能受到行政处罚或承担民事责任。
侵犯劳动者权益：
- 若劳务公司克扣、截留劳动者工资，或未按照约定时间发放工资等行为，严重损害了劳动者的合法权益，属于违法行为。劳务公司可能面临劳动行政部门的处罚，并需承担赔偿劳动者损失的责任。
协助逃避法律责任：
- 如果劳务公司明知用人单位存在逃避缴纳社会保险、少缴税款、规避劳动法律法规规定的义务等违法意图，仍然协助其进行代发工资操作，那么劳务公司和用人单位都将面临法律责任，可能受到行政处罚或承担刑事责任。
总结与建议：
公司员工工资由劳务公司代发在合法合规的前提下是可行的。但企业在选择劳务公司时，应确保其具备合法资质、信誉良好且操作规范。同时，企业应与劳务公司签订明确的委托代发工资协议，并建立完善的监督机制以确保工资准确、及时发放。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。