总包代分包商发农民工工资是合法的。以下是对这一问题的详细解析：

法律依据

根据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，施工总承包企业对所承包工程项目的农民工工资的支付负总责，分包企业对农民工工资的支付负直接责任。该条例还明确规定了工程建设领域推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度，以确保农民工工资能够及时、足额支付。

具体操作与责任界定

1. 分包单位责任：

   • 分包单位需按月考核农民工的工作量，并编制工资支付表，经农民工本人签字确认后提交给总包单位。
   • 分包单位对所招用农民工的实名制管理和工资支付负直接责任。

2. 总包单位责任：

   • 总包单位需对分包单位提交的工资支付表进行审核，确保无误后通过农民工工资专用账户将工资直接支付到农民工本人的银行账户。
   • 总包单位对所承包工程项目的农民工工资支付负总责，若分包单位拖欠农民工工资，总包单位需先行清偿，并有权依法进行追偿。

意义与影响

1. 对农民工：这一制度确保了农民工能够及时、足额收到工资，降低了被拖欠工资的风险，保障了其基本生活和合法权益。
2. 对建筑行业：有助于规范建筑市场秩序，减少因工资纠纷引发的社会不稳定因素，提升建筑行业的整体形象和信誉。

综上所述，总包代分包商发农民工工资是符合法律规定的，且这一制度对于保障农民工权益、维护社会稳定以及推动建筑行业健康发展具有十分重要的作用。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。