总包方未经分包方委托直接代发农民工工资，并不违法，反而是符合相关法律法规要求的。以下从多个角度进行详细分析：
法律依据与制度设计：
- 根据《保障农民工工资支付条例》的规定，工程建设领域推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度。这一制度设计旨在保护农民工的合法权益，防止因分包单位问题导致的欠薪事件。因此，总包单位在工程建设中不仅有权支付农民工工资，而且承担着确保农民工工资及时、足额支付的重要责任。
总包单位的权利与义务：
- 总包单位需根据分包单位编制的工资支付表，通过农民工工资专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户，并向分包单位提供代发工资凭证。这一流程确保了农民工工资的专款专用，避免了资金被挪用或恶意欠薪的风险。
- 同时，施工总承包单位对分包单位的劳动用工和工资发放情况负有监督责任。若分包单位拖欠农民工工资，施工总承包单位需先行清偿，再依法进行追偿。这进一步强化了总包单位在保障农民工工资支付中的关键地位。
现实操作层面的意义：
- 总包单位在工程资金的掌握和调配方面通常具有更强的能力和资源。由总包单位来支付农民工工资，可以更好地对资金进行统筹安排和监管，确保农民工工资的及时支付。
- 作为工程项目的核心管理者，总包单位对工程的进度、质量、人员等方面都有全面的了解和掌控。由总包单位负责支付农民工工资，便于其对分包单位的用工情况和工资发放情况进行监督和管理，一旦发现问题可以及时协调解决，有效维护农民工的合法权益。
可能存在的误解与澄清：
- 有人可能会认为，总包单位未经分包单位委托直接代发工资是侵犯了分包单位的权益。但实际上，这一制度设计是在法律框架内进行的，旨在保障农民工的合法权益。分包单位作为农民工的用人单位，仍然需要承担用工管理、签订劳动合同等责任，而总包单位则负责工资的支付和监督，两者并不冲突。
建议与注意事项：
- 对于总包单位而言，应严格遵守相关法律法规和合同约定，切实保障农民工的工资权益。在代发工资过程中，应确保工资支付表的准确性和完整性，及时将工资支付到农民工本人的银行账户，并保留好相关凭证。
- 对于分包单位而言，应积极配合总包单位的工作，提供准确的工资支付表和相关资料。同时，也应加强对自身用工管理和工资发放情况的监督，确保不出现欠薪等违法行为。
总之，总包方未经分包方委托直接代发农民工工资并不违法，反而是符合法律法规要求的。这一制度设计旨在保障农民工的合法权益，促进社会的和谐稳定。如果您在劳动工伤领域还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。