总包克扣农民工工资是违法的。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国劳动法》：明确规定工资应按月以货币形式支付给劳动者，不得克扣或无故拖欠。
2. 《劳动保障监察条例》：规定用人单位克扣工资的，由劳动保障行政部门责令限期支付，逾期不支付的需加付赔偿金。
3. 《中华人民共和国刑法》：规定了拒不支付劳动报酬罪，对恶意拖欠工资的行为进行了刑事规制。

二、法律责任

1. 民事责任：总包克扣农民工工资，违反了劳务合同中的劳动报酬支付约定，应承担违约责任，农民工有权要求足额支付工资并主张损失赔偿。
2. 行政责任：劳动行政部门有权查处克扣工资行为，责令限期支付并可处以罚款等行政处罚。
3. 刑事责任：如果总包以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动报酬，或有能力支付而不支付，数额较大且经政府有关部门责令支付仍不支付的，将构成拒不支付劳动报酬罪，面临刑事处罚。

三、维权途径

农民工在遭遇工资被克扣时，应采取以下措施维护自身权益：

1. 协商解决：首先尝试与总包直接沟通，要求其足额支付工资，并保留好协商记录。
2. 投诉举报：向当地劳动监察部门投诉，提交劳动关系及工资被克扣的证据，如劳动合同、考勤记录、工资条等。劳动监察部门将依法处理。
3. 申请仲裁：向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求支付被克扣的工资及赔偿。仲裁过程中需提供充分证据。
4. 提起诉讼：如对仲裁结果不服，可在规定期限内向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护合法权益。

综上所述，总包克扣农民工工资是严重的违法行为，将承担多重法律责任。农民工应依法维权，通过合法途径保护自己的合法权益。如果你或你身边的人遇到了类似问题，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律帮助。