总包单位支付农民工工资是合法的，不仅合法，而且根据相关法律法规，总包单位还承担着确保农民工工资及时、足额支付的重要责任。以下是对这一问题的详细解析：

1. 法律依据明确：

   • 根据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，工程建设领域推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度。这意味着总包单位有权且有责任代发农民工工资，以确保农民工的合法权益得到保障。

2. 代发制度的具体操作：

   • 分包单位需按月考核农民工的工作量，并编制工资支付表，经农民工本人签字确认后提交给总包单位。
   • 总包单位对分包单位提交的工资支付表进行审核，确认无误后，通过农民工工资专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户。

3. 总包单位的责任与义务：

   • 总包单位对分包单位的劳动用工和工资发放情况负有监督责任，若分包单位拖欠农民工工资，总包单位需先行清偿，再依法进行追偿。
   • 总包单位需开设农民工工资专用账户，专项用于支付该工程建设项目农民工工资，确保专款专用。

4. 现实操作的意义：

   • 由总包单位支付农民工工资，可以更好地对资金进行统筹安排和监管，确保农民工工资的及时支付。
   • 总包单位作为工程项目的核心管理者，便于对分包单位的用工情况和工资发放情况进行监督和管理，一旦发现问题可以及时协调解决。

综上所述，总包单位支付农民工工资是符合法律规定的，并且这一制度设计有助于保障农民工的合法权益，减少工资拖欠现象，促进建筑行业的健康发展。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。