农民工的工资由总承包单位支付，这一做法具有明确的法律依据，主要体现在以下几个方面：
《保障农民工工资支付条例》的相关规定：
- 根据《保障农民工工资支付条例》第三十条，分包单位对所招用农民工的实名制管理和工资支付负直接责任。然而，施工总承包单位对分包单位劳动用工和工资发放等情况负有监督责任，并且施工总承包单位应当按照有关规定开设农民工工资专用账户，专项用于支付该工程建设项目农民工工资。这意味着，在特定情况下，如分包单位拖欠农民工工资时，总承包单位有责任从工资专用账户中直接支付农民工工资，以确保农民工的合法权益。
- 此外，该条例还规定，工程建设项目转包，拖欠农民工工资的，由施工总承包单位先行清偿，再依法进行追偿。这一规定进一步强化了总承包单位在农民工工资支付方面的责任。
《中华人民共和国劳动合同法》的间接支持：
- 虽然《中华人民共和国劳动合同法》并未直接规定农民工工资必须由总承包单位支付，但该法强调了用人单位（包括总承包单位和分包单位）与劳动者之间应当建立劳动关系，并明确约定劳动报酬等事项。在农民工与分包单位建立劳动关系的情况下，如果分包单位未能按时支付工资，总承包单位作为工程建设的主体，其监督责任和连带责任使得其有可能需要介入工资支付问题。
实际操作中的常见做法：
- 在实际工程建设中，为了保障农民工的合法权益和避免工资拖欠问题，许多总承包单位会主动承担起农民工工资的支付责任。这通常通过开设农民工工资专用账户、实行工资代发制度等方式实现。这种做法不仅有助于维护农民工的合法权益，也有助于提升总承包单位的社会形象和信誉度。
法律建议：
- 对于农民工而言，如果遇到工资拖欠问题，首先应当与分包单位进行协商，要求其按时支付工资。如果协商无果，可以向总承包单位反映情况，要求其履行监督责任或先行清偿工资。
- 同时，农民工也可以向当地劳动保障监察机构投诉或申请劳动争议仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对于总承包单位而言，应当加强对分包单位的劳动用工和工资发放情况的监督，确保农民工工资按时足额支付。同时，也可以考虑与分包单位签订相关协议，明确工资支付的责任和义务，以降低法律风险。
可能后果：
- 如果总承包单位未能履行其监督责任或先行清偿工资的义务，可能会面临法律制裁和声誉损失。例如，劳动保障监察机构可以对其处以罚款等行政处罚；同时，农民工也可以通过法律途径追究其法律责任。
- 对于农民工而言，如果未能及时获得工资支付，可能会影响其生活质量和家庭稳定。因此，及时采取措施维护自己的合法权益至关重要。