农民工工资由总包甲方代付是符合法律规定的，这一制度主要依据《保障农民工工资支付条例》的相关规定。以下是对这一问题的详细解析：

法律依据

1. 《保障农民工工资支付条例》第十一条：明确规定了农民工工资应当以货币形式，通过银行转账或者现金支付给农民工本人，不得以实物或者有价证券等其他形式替代。这一条款确保了农民工工资的支付形式合法且直接。

2. 《保障农民工工资支付条例》第十二条：规定了用人单位应当按照与农民工书面约定或者依法制定的规章制度规定的工资支付周期和具体支付日期足额支付工资。这保障了农民工工资的支付周期和日期的明确性，减少了拖欠工资的可能性。

3. 《保障农民工工资支付条例》第三十一条：这是关于总包单位代发农民工工资的核心条款。它明确指出，在工程建设领域推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度。分包单位应当按月考核农民工工作量并编制工资支付表，经农民工本人签字确认后，与当月工程进度等情况一并交施工总承包单位。施工总承包单位根据分包单位编制的工资支付表，通过农民工工资专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户，并向分包单位提供代发工资凭证。

具体操作流程

为确保农民工工资能够准时、足额发放，以下是总包单位代发农民工工资的具体操作流程：

1. 设立专用账户：总包单位需在工程项目所在地银行开设“农民工工资专用账户”，此账户专款专用，仅用于支付该项目农民工的工资。

2. 编制与提交工资支付表：分包单位需按月考核农民工的工作量，并据此编制包含农民工姓名、身份证号、工作天数、应发工资等信息的工资支付表。该表需经农民工本人签字确认后，连同当月工程进度情况一并提交给总包单位。

3. 审核与代发工资：总包单位对分包单位提交的工资支付表进行审核，确认无误后，通过农民工工资专用账户将工资直接支付到农民工本人的银行账户。同时，向分包单位提供代发工资凭证，详细记录工资发放的明细。

各方责任界定

1. 分包单位责任：

   • 负责准确核算农民工的工作量和工资，确保提供的工资支付表真实、完整。
   • 对所招用农民工的实名制管理和工资支付负直接责任。
   • 若因提供虚假信息导致工资发放问题，需承担相应法律责任。

2. 总包单位责任：

   • 对所承包工程项目的农民工工资支付负总责，监督分包单位按时足额提供工资支付信息。
   • 确保农民工工资专用账户资金充足，及时、足额代发工资。
   • 若分包单位拖欠农民工工资，总包单位需先行清偿，并有权依法进行追偿。

意义与影响

1. 对农民工：这一制度显著减少了工资发放的中间环节，降低了被拖欠工资的风险，确保了农民工能够及时、足额收到工资，保障了其基本生活和合法权益。

2. 对建筑行业：有助于规范建筑市场秩序，减少因工资纠纷引发的社会不稳定因素，提升建筑行业的整体形象和信誉，促进建筑行业的健康、可持续发展。

综上所述，农民工工资由总包甲方代付是符合法律法规且行之有效的措施。如果你在这一过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。