总包代付工资在符合一定条件下是合法的。以下从不同角度为您详细分析：

合法性基础

1. 合同约定：如果总包单位与分包单位（或实际施工人）之间的合同中明确约定了由总包单位代付工资，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种代付行为就是合法的。合同是双方意思自治的体现，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，就应当受到法律的保护。

2. 保障农民工权益：在实际操作中，总包代付工资往往是为了保障农民工等弱势群体的工资权益。根据《保障农民工工资支付条例》等相关规定，建设单位或者施工总承包单位将建设工程发包或者分包给个人或者不具备合法经营资格的单位，导致拖欠农民工工资的，由建设单位或者施工总承包单位清偿。因此，在特定情况下，总包单位代付工资不仅合法，还是其应尽的法律责任。

注意事项

1. 代付协议的明确性：总包单位与分包单位（或实际施工人）之间应当签订明确的代付协议，约定代付的范围、方式、时间等具体事项，以避免后续产生纠纷。

2. 工资发放的透明度：总包单位在代付工资时，应当确保工资发放的透明度，即应当向农民工等劳动者明确告知工资是由总包单位代付的，并保留好相关的发放记录，以备查证。

3. 避免滥用代付：总包单位不得滥用代付工资的权利，例如不得以代付工资为名，行克扣、拖欠工资之实。否则，总包单位将承担相应的法律责任。

法律后果

1. 合法代付的法律后果：如果总包单位按照合同约定和法律规定代付工资，那么这种行为将受到法律的保护。在后续可能出现的纠纷中，总包单位可以依据代付协议和相关的发放记录来维护自己的合法权益。

2. 违法代付的法律后果：如果总包单位违反合同约定或法律规定代付工资，例如克扣、拖欠工资等，那么总包单位将承担相应的法律责任。这可能包括支付拖欠的工资、赔偿劳动者的损失以及可能面临的行政处罚等。

建议：在实际操作中，总包单位在代付工资前应当仔细审查与分包单位（或实际施工人）之间的合同约定，并确保代付行为符合法律法规的强制性规定。同时，总包单位还应当加强内部管理，确保工资发放的透明度和准确性，以避免后续产生纠纷。如果您在总包代付工资方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。