针对您提出的问题“总包方能代发农民工工资，但分包不让付怎么办”，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，在工程建设领域，为了保障农民工的合法权益，我国实施了总包代发制度。根据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，分包单位对所招用农民工的实名制管理和工资支付负直接责任，而施工总承包单位则对分包单位的劳动用工和工资发放等情况进行监督。当分包单位拖欠农民工工资时，施工总承包单位需要先行清偿，之后再依法进行追偿。
针对您当前的情况，即总包方希望代发农民工工资，但分包方不同意，您可以采取以下措施：
与分包方沟通协商：
- 首先，尝试与分包方进行深入的沟通，了解其不同意代发工资的具体原因。
- 强调代发工资对于保障农民工权益、维护工程稳定的重要性，以及可能面临的法律责任。
依据法规要求代发：
- 如果分包方仍然不同意，您可以依据《保障农民工工资支付条例》的规定，直接代发农民工工资。
- 在代发前，确保已经与农民工签订了劳动合同或用工协议，并进行了实名制登记，以便准确核算工资。
保留相关证据：
- 在代发工资的过程中，务必保留好相关的支付凭证、工资表、劳动合同等证据，以备后续可能出现的争议或法律纠纷。
依法追偿：
- 代发工资后，您可以依据与分包方签订的合同或相关法律法规，向分包方进行追偿。
- 如果分包方拒绝支付或无法联系到分包方，您可以考虑通过法律途径（如诉讼、仲裁等）来维护自己的合法权益。
向相关部门投诉：
- 如果分包方的行为已经严重影响到农民工的权益或工程的稳定进行，您可以向工程所在地的人力资源社会保障行政部门或相关行业工程建设主管部门进行投诉。
- 这些部门有权对分包方的行为进行调查和处理，并责令其支付拖欠的工资。
综上所述，作为总包方，在分包方不同意代发农民工工资的情况下，您有权依据相关法律法规进行代发，并保留好相关证据以便后续追偿。同时，您也可以向相关部门投诉以维护农民工的权益和工程的稳定进行。希望这些建议能对您有所帮助。