总包单位在包工头支付不起农民工工资时，有义务代付。以下从法律层面和现实操作层面进行详细分析：
法律层面
代发工资的权利与义务：
- 根据《保障农民工工资支付条例》，在工程建设领域，推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度。这意味着，虽然农民工可能与分包单位（如包工头）建立劳动关系，但法律赋予了总包单位代发工资的权利和义务，以确保农民工工资的安全发放。
- 总包单位需根据分包单位编制的工资支付表，通过农民工工资专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户，并向分包单位提供代发工资凭证。
总包对工资支付的总责：
- 施工总承包单位对分包单位的劳动用工和工资发放情况负有监督责任。若分包单位（如包工头）拖欠农民工工资，施工总承包单位需先行清偿，再依法进行追偿。这一规定强化了总包单位在保障农民工工资支付中的关键地位。
- 例如，在某案例中，包工头拖欠农民工工资，法院判决总包单位向原告支付劳务费及利息，总包单位支付完毕后，有权向包工头追偿。
农民工工资专用账户的设置：
- 《保障农民工工资支付条例》要求施工总承包单位开设农民工工资专用账户，专项用于支付该工程建设项目农民工工资。这确保了农民工工资的专款专用，避免了资金被挪用或恶意欠薪的风险。
现实操作层面
资金管控优势：
- 总包单位在工程资金的掌握和调配方面通常具有更强的能力和资源。由总包单位来支付农民工工资，可以更好地对资金进行统筹安排和监管，确保农民工工资的及时支付。
监管与协调便利：
- 作为工程项目的核心管理者，总包单位对工程的进度、质量、人员等方面都有全面的了解和掌控。由总包单位负责支付农民工工资，便于其对分包单位的用工情况和工资发放情况进行监督和管理，一旦发现问题可以及时协调解决，有效维护农民工的合法权益。
法律责任与声誉风险：
- 如果总包单位未能履行保障农民工工资支付的责任，可能会面临法律责任和声誉风险。因此，建议总包单位在工程建设过程中，严格遵守相关法律法规和合同约定，切实保障农民工的工资权益。
建议与提醒：
- 对于总包单位而言，应建立健全的工资支付管理制度，确保农民工工资的及时、足额支付。
- 对于农民工而言，如果遇到包工头拖欠工资的情况，可以向总包单位反映，也可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
- 在实际操作中，总包单位应保留好与分包单位之间的合同、工资支付表等相关证据，以便在发生纠纷时能够证明自己的清白和履行了相关义务。
总之，总包单位在包工头支付不起农民工工资时，有义务代付。这是法律的规定，也是保障农民工合法权益、维护社会和谐稳定的重要举措。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。