代发工资公司是否合法，这主要取决于代发工资公司的行为是否符合相关法律法规的要求。以下从多个角度为你详细分析：
合法情形
具备合法资质与协议：
- 代发工资公司若具备从事相关业务的合法资质，并与用人单位签订了合法有效的委托代发工资协议，明确约定了代发工资的范围、方式、时间、费用等具体内容，那么这种代发行为是合法的。例如，一些大型企业或跨国公司，为了统一财务管理、降低运营成本，会选择委托专业的劳务公司代发工资，这种做法在实践中被广泛接受和应用。
遵守劳动法规和税务规定：
- 代发工资过程中，代发工资公司必须严格遵守国家关于工资支付的各项法律法规，包括按照用人单位提供的工资清单及时、足额地将工资发放到劳动者手中，不得克扣或无故拖欠工资。同时，代发工资公司还需依法代扣代缴员工的个人所得税、社会保险费等，确保税务合规性。
保护劳动者权益：
- 代发工资公司在代发工资过程中，应充分保护劳动者的合法权益，包括但不限于提供工资明细、保障工资的保密性、确保工资的安全和准时发放等。如果代发工资公司能够做到这些，那么其代发工资的行为就是合法的。
可能存在的违法情形
未取得资质或超越资质范围：
- 如果代发工资公司未取得从事相关业务的合法资质，或者超越了其资质范围进行代发工资业务，那么这种行为就是违法的。未取得资质的代发工资公司可能面临行政处罚，甚至可能构成非法经营罪。
侵犯劳动者权益：
- 如果代发工资公司在代发工资过程中存在克扣、截留劳动者工资，或未按照约定时间发放工资等行为，严重损害了劳动者的合法权益，那么这种行为也是违法的。劳动者有权向劳动监察部门投诉，并要求代发工资公司承担相应的法律责任。
协助逃避法律责任或税务违规：
- 如果代发工资公司明知用人单位存在逃避缴纳社会保险、少缴税款、规避劳动法律法规规定的义务等违法意图，仍然协助其进行代发工资操作，那么代发工资公司和用人单位都将面临法律责任。此外，如果代发工资过程中涉及偷逃税款等税务违规行为，代发工资公司也可能面临税务部门的处罚。
建议与总结
- 谨慎选择代发工资公司：用人单位在选择代发工资公司时，应仔细审查其资质、信誉和服务质量，确保选择到合法、合规、可靠的代发工资公司。
- 签订合法有效的委托协议：用人单位与代发工资公司之间应签订合法有效的委托代发工资协议，明确双方的权利和义务，以避免后续纠纷。
- 加强监督与管理：用人单位应加强对代发工资公司的监督与管理，确保工资的安全准时发放和劳动者的合法权益得到保障。
综上所述，代发工资公司是否合法取决于其是否具备合法资质、是否遵守相关法律法规和规定、是否能保护劳动者的合法权益等多个方面。如果你对代发工资公司的合法性有疑问，或者遇到了相关法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。