代发代扣工资的合法性取决于具体情况，不能一概而论。以下是对这一问题的详细分析：
一、代发工资的合法性
法律法规支持：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且并未明确规定必须由用人单位直接支付。因此，用人单位有权选择通过银行等金融机构或其他合法机构代为发放工资，只要代发工资行为符合法律法规关于工资支付的规定，如确保工资按时足额发放、不侵害员工合法权益等，即视为合法。
实际操作中的合规性：
- 单位在选择代发工资机构时，通常会与具备合法资质和专业能力的金融机构（如银行）或人力资源服务机构合作，并签订合法的代发工资协议，明确各自的权利和义务，确保代发工资过程的合规性和透明度。
保障劳动者权益：
- 代发工资不影响劳动者实际获得的工资数额和享有的权益。工资的支付标准、支付时间等仍应按照劳动合同和相关法律法规执行。代发工资机构会严格按照企业提供的工资清单进行发放，确保工资数额的准确无误，避免克扣或无故拖欠工资等行为的发生。
二、代扣工资的合法性
合法代扣情形：
- 法定代扣：根据相关法律法规，用人单位可以代扣劳动者工资的情形包括代扣代缴的个人所得税、社会保险费用、法院判决要求的抚养费、赡养费等，以及因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的赔偿。
- 合同约定或规章制度：若劳动合同或员工手册等书面文件中明确规定了代扣工资的条件、标准和情形，且用人单位按照约定执行，则代扣工资是合法的。此外，用人单位依法制定并向员工公示的规章制度中，对代扣工资有明确规定，且不违反法律法规强制性规定，员工知晓并认可的情况下，代扣工资也具有合法性。
非法代扣情形：
- 无约定或规定：未经员工同意或未在合同、规章制度中明确规定，用人单位擅自代扣工资，属于违法行为。
- 缺乏事实依据：用人单位无法提供充分证据证明员工存在需要代扣工资的情形，即随意代扣工资，同样违法。
- 违反法定程序：未遵循劳动法规定的变更工资待遇的程序，如未与员工协商或未采用书面形式变更劳动合同，代扣工资也是违法的。
三、劳动者应对非法代发代扣工资的措施
与企业沟通：
- 首先与用人单位沟通，要求提供代发代扣工资的依据。若代发代扣无理，应要求立即停止并退还。
申请劳动仲裁：
- 沟通无果后，可向当地劳动仲裁机构申请仲裁，提供相关证据以证明用人单位的非法代发代扣行为。
法律诉讼：
- 对劳动仲裁结果不满意时，可向人民法院提起诉讼，要求返还被代扣的工资并寻求赔偿。
总结来说，代发工资在合法合规的前提下是合法的，并能为公司和员工带来诸多便利。而代扣工资的合法性则取决于是否符合法定代扣情形、合同约定或规章制度，并遵循法定程序。若遇到非法代发代扣工资的情况，劳动者应积极采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。