公司员工代收农民工工资是否合法，需分情况讨论：
若员工代收行为获得农民工明确授权：
- 在这种情况下，员工代收工资的行为是合法的。农民工作为工资的真正所有者，有权决定工资的收取方式。如果他们明确授权某位员工代为收取，那么这位员工代收工资就构成了合法的代理行为。这种授权可以是书面的，也可以是口头的，但为了确保双方权益，建议采用书面形式，并明确代收的具体事项、期限等。
若员工代收行为未获得农民工授权，但公司有合理理由且农民工事后追认：
- 如果公司因特殊原因（如农民工因故无法亲自领取、公司为了方便管理等）安排员工代收工资，且农民工在事后对代收行为进行了追认（即表示同意或接受），那么这种代收行为也可以视为合法。但公司应当承担举证责任，证明代收行为是基于合理理由，并且农民工已经事后追认。
若员工代收行为未获得农民工授权，且公司无法证明合理理由或农民工未追认：
- 在这种情况下，员工代收工资的行为可能构成违法。因为工资是农民工的劳动所得，他们有权亲自领取。如果公司未经农民工同意就安排员工代收，可能侵犯了农民工的合法权益。此时，农民工有权要求公司支付工资，并可能要求公司承担相应的法律责任。
法律背景与建议：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这强调了工资支付应当直接、及时地到达劳动者手中。
- 为了避免纠纷和法律风险，公司应当尽量确保工资直接支付给农民工本人。如果确实需要安排员工代收，应当事先获得农民工的明确授权，并保留好相关证据。
- 如果农民工对代收行为有异议或认为公司侵犯了其合法权益，他们可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
可能法律后果：
- 如果公司未经农民工同意就安排员工代收工资，且农民工因此遭受了损失（如工资被挪用、丢失等），公司可能需要承担赔偿责任。
- 在极端情况下，如果公司长期、多次未经农民工同意就安排员工代收工资，且情节严重，可能构成违法行为，受到相关部门的处罚。
综上所述，公司员工代收农民工工资是否合法取决于是否获得农民工的授权以及公司是否有合理理由。为了确保合法性和避免纠纷，公司应当尽量直接支付工资给农民工本人，并在需要代收时获得明确授权并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。