甲方在特定情况下可以代发农民工工资，且这一做法在法律上是允许的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律层面的允许性
《保障农民工工资支付条例》的规定：
- 该条例并未禁止甲方直接向农民工支付工资，反而强调了保障农民工按时足额获得工资的权利。在特定情形下，如用工管理不规范导致工资争议时，甲方直接支付工资可以作为解决纠纷的有效手段。
合同约定优先原则：
- 若甲乙双方在施工合同中明确约定由甲方代发工资，或者农民工书面同意由甲方直接支付工资，则此类安排具有法律效力。但需确保合同内容不违反强制性法规，且农民工的权益得到充分保障。
二、实际操作中的可行性
简化支付流程的优势：
- 通过实名制管理系统，甲方可以直接将工资发放至农民工本人账户，减少中间环节，降低欠薪风险。这一做法尤其适用于分包单位管理混乱或存在资金挪用隐患的项目。
潜在的管理挑战：
- 甲方需建立完整的考勤与工时记录体系，准确核算每位农民工的应得报酬。同时，还需应对税务申报、社保缴纳等衍生问题，这对甲方的财务管理能力提出了更高要求。
三、特殊场景下的必要性
分包单位履约异常时：
- 当分包方出现资金链断裂、恶意拖欠等行为时，甲方可依据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，启动应急支付机制，通过专用账户直接清偿工资，以避免矛盾激化。
政府监管介入情形：
- 住建部门在查处欠薪案件时，可依法要求甲方先行垫付被拖欠的工资。此时，直接支付工资既是甲方的法定义务，也是化解社会矛盾的必要举措。
四、甲方代发工资时的注意事项
合法合规性：
- 甲方在代发工资时，应确保付款手续齐全、合法合规。特别是要取得农民工的签字确认，以避免后续可能出现的纠纷。
证据保留：
- 代发过程中，甲方应妥善保留相关证据，如农民工签字的工资支付表、银行转账记录等，以备不时之需。这些证据在后续可能出现的纠纷中将成为关键性的证明材料。
五、农民工工资拖欠问题的解决途径
协商解决：
- 首先，建议通过与施工单位协商的方式解决工资拖欠问题。双方可以就工资支付时间、方式等进行友好磋商，以达成共识。
法律途径：
- 若协商不成，农民工可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。在投诉无果的情况下，农民工还可以依法申请劳动仲裁或直接向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
证据重要性：
- 在处理工资拖欠问题时，无论是协商还是走法律途径，农民工都应注重证据的收集和保留。如合同、工时记录、工资支付凭证等，这些都是维权的重要依据。
综上所述，甲方在特定情况下可以代发农民工工资，但需确保手续合法合规，并保留好相关证据。同时，农民工在遇到工资拖欠问题时，应优先考虑通过协商或法律途径解决，并注重证据的收集和保留。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。