代付农民工工资抵工程款是否合法，需分情况讨论：

1. 若各方达成一致且不违反法律强制性规定：

   • 在工程承包、分包等过程中，如果建设单位、施工单位与农民工三方（或至少建设单位与施工单位双方）就代付农民工工资以抵偿工程款的事宜达成了一致意见，并且这种安排没有违反《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》以及《保障农民工工资支付条例》等法律法规的强制性规定，那么这种代付行为在法律上是被允许的。
   • 法律依据：根据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，建设单位应当按照合同约定及时拨付工程款，并将人工费用足额拨付至农民工工资专用账户。但这并不排除在特定情况下，经各方协商一致，可以采用其他支付方式，只要确保农民工工资得到足额支付。

2. 若未经农民工同意或违反法律强制性规定：

   • 如果代付农民工工资抵工程款的行为未经农民工本人同意，或者这种安排导致了农民工工资被拖欠、克扣，或者违反了法律法规中关于农民工工资支付的其他强制性规定，那么这种行为就是不合法的。
   • 法律后果：在这种情况下，农民工有权向相关部门投诉，要求支付被拖欠的工资，并可能要求支付赔偿金。同时，相关责任单位和个人也可能面临行政处罚或法律责任。

法律建议：

• 对于建设单位和施工单位：在考虑采用代付农民工工资抵工程款的方式时，务必确保与农民工本人进行充分沟通，并取得其明确同意。同时，要确保这种安排不会违反法律法规中关于农民工工资支付的强制性规定。
• 对于农民工：如果发现自己的工资被以代付工程款的方式支付，且未经自己同意或导致工资被拖欠、克扣，应及时向相关部门投诉，并寻求法律援助。

可能的风险点：

• 沟通不畅：如果各方之间沟通不畅，可能导致农民工对代付行为产生误解或不满，进而引发纠纷。
• 法律风险：如果代付行为违反了法律法规的强制性规定，相关责任单位和个人可能面临法律责任。

总结：代付农民工工资抵工程款是否合法，取决于各方是否达成一致意见以及是否违反法律法规的强制性规定。在操作过程中，务必确保合法合规，并充分考虑农民工的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。